作者yllai1029 (Hikaru)
看板Biotech
标题[讨论] protein marker与胶的percentage
时间Thu May 10 19:22:30 2012
今天和实验室学姐闲聊时
讨论到marker是否会因SDS-PAGE的percentage不同
而会使marker所标示的分子量大小与datasheet有所差异
我认为是不会有影响
比如说我们家用的maker上头标示是Tris-Glycine 4-20%
如下网址所示
http://www.genedirex.com/?p=462
我认为厂商所卖的marker如果会依胶的percentage不同
而会使得marker大小有所差异
那他就不应该卖这样商品啊( ‵□′)───C＜─___-)|||
但我後来在网路上搜寻到
有人说"Prestain protein marker 在不同浓度的SDS-PAGE中可能代表不同的大小"
如下网址
http://vipweb20.vipcase.net/html/front/bin/ptlist.phtml?Category=151455
害我又开始怀疑自己的想法是否是真的
因为有时候明明蛋白是80kDa 留75kDa以上却把band给剪掉的事情也是有发生过
(且之前之前用其它家marker留72kDa以上东西又没被剪掉 所以蛋白预测大小应该无误)
不晓得大家的想法如何呢??
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世界は美しくなんかない。そしてそれ故に、美しい。
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 114.36.55.152
1F：推 FireHell:4-20%是梯度胶的意思吧...... 05/10 20:26
2F：推 tsubasawolfy:是buffer不同才会造成显着差异吧？ 05/10 20:26
3F：→ yllai1029:我回1F:我以为是说4到20%的胶都适用 所以是我误会了? 05/10 20:30
4F：→ yllai1029:且那两支marker的data sheet都是写4-20%Tris-glycine 05/10 20:35
5F：→ APPswe:F大 您误会了 请看网址中"Q：Protein marker常见问题"部分 05/10 20:37
6F：推 FireHell:回楼上，请问我误会的点是@@? (你说的我有看过了，认同) 05/10 22:43
7F：推 FireHell:回原PO，我记得那个图确实是梯度胶的意思 05/10 22:47
8F：推 FireHell:不可能4%还可以把11和17分开 05/10 22:55
9F：→ yllai1029:了解 但不管我以多少%gel去跑 每一条marker的大小应该 05/10 23:28
10F：→ yllai1029:不会有变是吗? 05/10 23:29
我又找到一个marker的参考图
看起来是在同一种buffer中marker大小不变
但buffer不同时就会有变化 不知道这样的解读对不对?
http://www.fermentas.com/en/products/all/SM067 (参见Figure1)
※ 编辑: yllai1029 来自: 114.36.55.152 (05/10 23:35)
11F：推 FireHell:我想应该以你买的MAKER的厂商为准 05/10 23:43
12F：推 FireHell:通常切胶的时候不会刚好只切1个区间(正负0.5区间) 05/11 00:05
13F：→ FireHell:我会切三个区间(正负1.5区间) 不知道这样写看不看的懂 @@ 05/11 00:06
14F：→ FireHell:简单的说就是切大条一点才安全 05/11 00:07
15F：→ yllai1029:所以意思是f大你应该也不会完全相信marker及抗体 05/11 09:14
16F：→ yllai1029:而会抓比较大的range是吧 05/11 09:14
17F：→ yllai1029:其实会切小通常是想跑一次就尽量把所有要看的东西都看 05/11 09:15
18F：→ yllai1029:齐啦 只是有时候换别家marker总会遇到些意外0.0 05/11 09:15
19F：→ chench0710:而且有时候同一种蛋白质在不同细胞中 05/11 11:07
20F：→ chench0710:会有不同的形态,大小也会不一样 05/11 11:08
21F：推 FireHell:没错，我通常一片只会看3个PROTEIN，最多看到4个 05/11 14:36
22F：推 tsubasawolfy:MOP专跑中分子量 MES专跑低分子量 Acetate是高分子量 05/11 15:18
23F：→ tsubasawolfy:配合适当的buffer可以拿到较准确的位置 如果又考量到 05/11 15:20
24F：→ tsubasawolfy:PTM情况分子量当然会有变动 SDS或LDS出来效果也有差 05/11 15:21
25F：→ tsubasawolfy:不能就单一胶体浓度来评论是否会影响到PROTEIN位置 05/11 15:22
26F：→ tsubasawolfy:而且在裁的时候失之毫里差之千里 歪个几mm就差很多 05/11 15:24
27F：→ tsubasawolfy:与其去计较为何一片胶可以切多细看多少不如多保留一 05/11 15:25
28F：→ tsubasawolfy:点避免憾事发生 反正一样都要三重覆ˊ_>ˋ 跑几次又 05/11 15:27
29F：→ tsubasawolfy:没差(SMAPLE珍贵就算了XD 05/11 15:27
30F：推 martyrtitan:先跑一片完整的确认位置後 以後再裁切 05/11 19:02
31F：推 qiet:会不会是跟他们用来pre-stain的dye有关? 才会造成不同buffer 05/11 23:44
32F：→ qiet:中MW会有些许的不同 05/11 23:45
33F：推 tsubasawolfy:不同颜色的dye是会有差 拿去当marker的蛋白每家也不 05/11 23:47
34F：→ tsubasawolfy:一样 buffer不同造成位置不同是盐类跟pH值的关系 05/11 23:48