作者g010377 ()
看板Biotech
标题[求救] promoter cloning
时间Tue Nov 29 23:02:22 2011
最近clone出一个rat gene promoter(-1800~+154)
promoter的activity没有显着的差异
跟老板讨论後 希望能够加长promoter的长度(约-3000bp左右)
但我找了一下rat genomic DNA
发现genomic DNA sequence有两种:
NC_005102.2 Reference assembly (based on RGSC_v3.4)
AC_000071.1 Alternate assembly (Rn_Celera)
这两种sequence只有从-1900开始的downstream是一致的
-1900开始的upstream的sequence有蛮大的差异
请问一下版友们有遇过这种状况吗?
我该怎麽办?该相信哪一个?
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 219.80.238.185
1F：推 Ianthegood:primer都订起来都匹匹看罗XD 11/29 23:05
2F：推 leoblack:2个都做啊~既是好的比较~又可以1个实验2个data篇幅 11/29 23:15
3F：→ g010377:忘了说 除了序列差异大之外 第一个序列还有一堆NNN 11/29 23:50
4F：→ g010377:让我不知道该如何是好= = 11/29 23:50
5F：推 aggaci:有些promoter assay用的序列会包括transcriptional start 11/30 00:28
6F：→ aggaci:site之後也就是+1之後的一部份序列，原因是可能有enhancer 11/30 00:28