※ 引述《churchfire (别小看我...)》之铭言： : 小弟最近在研究gene marker : 看到很多看似很浅但是确又很重要，让我似懂非懂的词 : SNP,单一何甘酸多型性,指的是基因序列中,单一何甘酸的变异。 : Genotyping,Genotype, : 名词:基因型,指的是基因的序列,型态!甚至是胶片上的片段pattern! : 动词:表示透过各种的实验方式包含RFLP,RAPD,SNP等方法，了解基因的序列或型态!! : Gene marker:基因分子标志，指的是一个DNA片段，其位於染色体上，此片段可大可小， : 小至SNP(仅有一个NT的差异)，甚至是一整个片段的不同； : 其功用在於区分细胞个体或是物种。其操作的形式也很多种包含:RFLP,AFLP, : RAPD,SSR,SNP,RAD marker等。 : Question 1:以上，我想请教到底这三个怎麽串在一起阿? : Answer:是说:gene marker的方式可以帮助人们了解genotype吗? : 而SNP，或是其他SSR,RFLP,AFLP等,都是帮助genotyping的方法! : 我这样说对吗? 个人意见 genotype是早期在定序技术还没发展这麽威猛的时候用的词 孟德尔大大他的大A小a这种用来解释phenotype用的 照原始的定义 一个genotype可能不只一种序列 跟现在常用的定义又不相符了 个人觉得是不太好用而且重要性有点逐渐式微的词 现在在paper上面很少会看到genotype这个词 都是直接把序列整个放上去 然後marker不一定是差异 就只是一个可以辨识的东西 我自己是做农的拿农业来举例 做breeding的时候 如果要把各种trait都混到一株里面 单看phenotype可能不一定看得出来(像是垂直与水平抗性混和) 如果你用某对primer或是某只RE处理後会有一个多大的band这样 就代表这株有某个抗性 这个band你不用知道它的序列也不用知道它在哪个染色体上面的哪个位置 : Question 2:那这样跟gene mapping有什麽差异?? : 我也看到了解这些可以帮助了解和疾病(或phenotype)和基因型间的关系 : 像是GWAS(genome-wide-association-study) : 我知道大多数的SNP和及并有关系!但是我们要怎麽知道呢? : High-throughput-screening的技术发达，我们可以很快的解序, : 但是我们还是不容易明了序列的功能以及其与疾病(表型)!! 一样拿上面那个例子 marker不一定要知道序列 当然就无从做mapping勒 然後说snp多跟疾病有关系逻辑上就有点搞错了 应该说是疾病多跟突变有关系 而且有病的才比较会被拿来重点研究 之前人类定序定了五个人吧 猜猜看里面有多少snp : Question 3:我这样说对吗?我们拿到那麽多的SNP或是marker後， : 我们要怎麽作後续的动作? : Question 4:我也有问一位美国的教授,他说现在的解序技术太发达了! : 我们可以很快的解序，但是如果要排列序列就很花时间! : 请问通常都要做什麽实验才可以知道其排列的位置? : 我知道有透过"recombination rate"估算位置，以及物理性位置(Physical Mapping) : 而吉隆米克斯最近推出的next-generation-sequencing,速度快 : 但基因片段重组,也是一个重要课题。 : 这位教授建议我:乾脆把需要的物种全部解序,这样你就可以得到很多资讯了!! : 你拥有这些需列资料,你也就有很多的东西可以玩了!!你也可以从中找到你想切入的方向! : 以上是我最近阅读的心得与感想，希望板上的大大先进 : 给予一些建议或是有用的文章!!帮助我了解更多!! : 我有说错的地方,也请不吝赐教,谢谢!! sanger法定序一次大概是1K的长度 要单用sanger定序完人类的基因谱就要花上万台定序机连定十年 second generation可以一次操作非常大量的定序(上百万个reads) 但是每个reads都很短 几十个nt而已 定序很快 但是定出来就是一堆小片段 而且有一定的错误率 而且有点贵(汗) 要用软体慢慢把它拼起来 还要加上人工辨识去除错误的序列之类的 是很累人的工作 麻烦的是如果定的是genome的话 里面有一大大大部分都是crap(应该说是现在对我们意义不明) 还要找ORF promoter之类的 所以现在很多都是定transcriptome 定出来的东西就是cDNA的序列 比较直接比较好分析也比较好操作 然後第三点 一个概念我觉得你可能弄反了 sequencing跟marker(也包含snp)都是手段 你是为了要研究疾病或是做phylogeny或是breeding 你才去做这些东西 而不是得到序列才来想要干嘛 好像有点不是很切题 希望加减有帮助= = 然後偷偷打一下第三代定序的广告XD pacific biosciences 超威!! -- 人好 欠表 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 110.174.79.41 ※ 编辑: Ianthegood 来自: 110.174.79.41 (07/02 10:56)