作者pocession (阿宗)
看板Biotech
标题Re: [求救] PCR 跑胶internal control一直不equal
时间Sat Jun 18 23:49:33 2011
※ 引述《starjim (Jim)》之铭言:
: PCR完跑胶
: 但是卡在internal control一直不equal
: 导致一直无法继续往下做
: 我用的internal control是beta-actin
: 已经重新跑过几次PCR了
: 甚至连RT都重做了
: 可是就是一直卡在某个lane比较weak
: 每次跑完就是那个lane比weak
: 甚至我还把PCR完的product拿去用nanodrop测DNA浓度
: 结果是每管的浓度都差不多
分享我的经验,如果和大家的见解不同,希望大家和我一起多讨论!
关於测浓度这件事
在PCR完後,转cDNA後
测的浓度包含了样本中的dNTP/rNTP、用剩的primer和solvent中其他的物质
这些在OD260都会吸收的!
所以没办法反应出真正的PCR product量
要测的话 要先做完clean-up(酒精沉淀或用kit)再测才是准的
: 我已经想不到有什麽方法可以解决这问题了
: 请问板上的高手有什麽其他的方法吗?
: 谢谢~~
关於internal control equal这个要求,
我觉得样本处理的很重要,
我的经验是,每一管的组织/样本量一定要固定,
固体组织类的要确实秤量,
例如叶子等的要确实吸乾表面上的水再秤,
细菌的定量,一定要确实用pippet弄散测完OD,再取菌液做实验
还有如果是微量核酸样本的话(像血清中的病毒),
要加入carrier RNA/DNA (>3ug)後再纯化,才能确保纯化过程中每一管的效率相等,
另外如果要做RT,RNA纯化的最後一步要用DNase处理,
ELUTION完成後再以OD260的值来normalize,确保拿去做RT的RNA量相同,
(有些方法或kit不保证能移除PRIMER,这时不适用)
然後在配PREIX时,我建议在分装PREMIX时,每一管都要用新的TIP,
因为有些TIPA体沾黏,这样通常会造成最後几管的值怪怪的,
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◆ From: 114.140.43.81
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