作者Fourfish (~四条鱼~)
看板Biotech
标题Re: [求救] Purification fungi genomic DNA
时间Sat Mar 20 12:37:29 2010
虽然我之前抽的都是动物的gDNA...
但我怎麽觉得你的步骤怪怪的??
你的过程怎麽会做两次沈降?(步骤6、12)
照我所知的原理跟抽动物的经验
应该把步骤10. protease K跟3. extration buffer并在一起处理 煮65度 for 3hr
(目的是破细胞跟切掉proteins)
之後做一到两次phenol/choroform extraction
(萃取并分离DNA跟其他物质)
再用100% EtOH + sodium acetate沈降 -20度 overnight或RT 30 min (温度越低越久)
离心、75% EtOH清洗一次、烘乾就可用ddH2O或TE buffer回溶了
之前抽过一次植物的 似乎也没分两次沈降
虽然我没做过抽蕈类...= =a
如果要参考其他protocol来做 我觉得参考plant的可能比较合适
不然看有没有其他抽过蕈类的人分享作法搂~!!
以上一些建议
※ 引述《ko363630 (打杂路人甲)》之铭言:
: 老板最近要我抽牛樟芝的gDNA
: 我从自家的分生圣经以及学姐之前的做法下去做
: 虽然有很成功的抽出来
: 但是浓度却是相当低,老板说,可能是抽的时候DNA被切碎太多
: 但是我自己觉得不太可能,可能是牛樟芝用的量太少(取1g抽)
: 这是我们的实验步骤
: 1.滤纸抽气过滤(无菌水清洗)
: 2.液态氮研磨
: 3.每克菌丝加入4ml extration buffer
: 4.add 4ml phenol/chloroform
: 5.centrifuge(4oC、10000rpm、10min)
: 6.add 1/10 3M Sodium acetate(pH5.2) and 100%EtoH to supernatant at -20oC for
: 2hr
: 7.centrifuge(10000rpm、10min) desupernatants in RT
: 8.add 20mM Tris-HCL(pH:8.0)
: 9.add 1ug RNase in 37oC 30min 150rpm
: 10.add protease K (final concentration 150mg/ml) at 37oC for 60min
: 11.add phenol volume mix, centrifuge(4oC 12000rpm 10min)
: 12.add 1/10 3M Sodium acetate 3x voulme 100% EtoH (Final concentration 70%)
: at -20oC 30min
: 13.centrifuge(4oC 14000rpm 25min)
: 14.add 10mM Tris-HCL(pH:8.0)
: 这是我的实验流程(第一次尝试英文请不要care>"< 我才大二,英文还不好)
: 老板说,这次抽出来的片段碎掉很多。之前曾想过改用lysis buffer 来破菌。
: 自己上网找qaigen、promega 的protocol但是找到大部分都是关於blood、trusses、
: plant、yeast(同样都是fungi,但是不知道能不能用)
: 想请各位板上的大大不知道能不能提供一些经验
: (要买kit的先不要好了= = 老板听到要花钱不知道会不会杀了我>"<)
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.94.205
1F:→ ko363630:我也不知道为什麽先前的人做两次settle ~_~ 03/20 13:07
2F:→ ko363630:但是protease K 可以煮吗= ="? sodium acetate(pH5.2) 03/20 13:08
3F:→ ko363630:放一阵子之後,不知道为什麽会跑到8.多 那时推测可能解 03/20 13:09
4F:→ ko363630:离了 因为弱酸盐就是弱硷(不忍思特) 是这样吗? 03/20 13:10
5F:→ Fourfish:protease K可以煮 只是我不确定是56度还65度...XD 03/20 17:30
6F:推 owl628:第二次是为了把RNase给去除,留下纯的gDNA,我实验室也会这样 03/20 23:31