作者cint (废弃物)
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标题Re: [求救] 双质体的判断
时间Wed Jan 6 03:22:41 2010
※ 引述《sonix (嘿嘿)》之铭言:
: 6.3 kbp (vector A)只会被XbaI和SacI切,5.9 kbp (vector B)只会被EcoRI切,
: EcoRI and XbaI digestion
: http://www.flickr.com/photos/28317645@N00/4246821059/
: EcoRI digestion
: http://www.flickr.com/photos/28317645@N00/4247595206/
: untreated or SacI digestion
: http://www.flickr.com/photos/28317645@N00/4247595278/
: DNA ladder 依序是 10,8,6,5,4,3, 2.5, 2, 1.5 kbp
就第一章图与第二张图做比较发现
其中似乎有个plasmid可被EcoRI切两刀,一段约3kb、另一段约3.5kb
(第二章图)
而且此plasmid又可被XbaI切一刀
(第二章图与第一张图叠合时发现3.5kb左右的片段变小,且下面多出一个小片段)
与你说的
6.3 kbp (vector A)只会被XbaI和SacI切,5.9 kbp (vector B)只会被EcoRI切
不符
所以以下我做了些假设
一、A plasmid 可能藏有两刀EcoRI,且其中一刀与XbaI距离约1kb
另外B plasmid只含有一刀EcoRI
在此条件下,图一与图二看起来是对的,但无法证明6kb左右是b plasmid
(有可能是A plasmid未切完)
图三的图中因为含有未切的supercoil form(难以判断大小),所以就不讨论
但有可能有只切一刀SacI切大小约6kb的plasmid
二、A plasmid不含EcoRI,但B含有两刀EcoRI与一刀XbaI
在此条件下,图一与图二看起来是对的,但无法证明6kb左右是A plasmid
(有可能是B未切完)
图三的图中因为含有未切的supercoil form(难以判断大小),所以就不讨论
但有可能有只切一刀SacI切大小约6kb的plasmid
在这些状况下建议图一跟图二都各加一组只含有A跟一组只含有B的对照组
若发现切EcoRI时A出现一段约3kb、另一段约3.5kb,而B只切一刀的状况(符合假设一)
建议找看看有什麽方法可以将B切出两段较小的片段且不与A混淆
若发现切EcoRI时B出现一段约3kb、另一段约3.5kb,而A只切一刀的状况(符合假设二)
建议将编号1~6切SacI+XbaI,可确认是否有A存在
不然就是想办法送定序确认了...
以上仅是我的推测,说不定会是错的(毕竟我才刚进入生物这领域一年多而已...)
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