作者nau9231 (nau9231)
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标题Re: [求救] 如何从未知序列筛选出兴趣片段
时间Tue Sep 15 19:37:30 2009
※ 引述《yaliu (雅)》之铭言：
: ※ 引述《nau9231 (nau9231)》之铭言：
: : 我拿到一个新的嗜热菌菌种。
: : 我用快筛知道它里面酯解酵素(esterase)有很好的效果!!
: : 可是它是新的菌种,基因序列都还未被定序出来。也就是说它是一个未知的序列。
: : 所以现在我不知道要如何取我感兴趣的基因片段( 酯解酵素 )。
: : 用限制?酵素去切吗??
: : 可是限制?酵素必须知道自己的基因序列才可以知道用哪种限制?去切。。
: : 可以给我一些建议吗??我该如何把我要的基因片段拿出来呢!!
: 是要将基因放大出来放到别的物种表现这个蛋白质吗？？
: 如果你想知道这个序列长相，唯有将这段基因选殖出来
: 要作到表现，可能就要需要完整的基因序列
: 基因的选殖个人认为很靠运气啦～下面跟你说有哪些方法可以知道
: 首先当然就是要先到NCBI搜寻相似物种蛋白质之胺基酸序列，
: 多找几个，再进行alignment，当然物种蛋白越相似越好
: 再来针对conserve region设计degenerate primer
: 再PCR放大部份片段（template是chromosome）
: 再来呢，将这个片段定序後得到此基因部份序列的长相
: 接着，以不同限制酵素切割你的chromosome
: 接下来你有两种选择
: 1. inverse PCR
: 2. 小范围的genomic library: southern hybridization -->部份纯化-->cloning--->
: colony hybridization 或一个一个挑起来check (by PCR...)
: 如果此酵素表现後，有很快速的方法可以知道他的存在
: 那麽clone就会比较好挑
: 以上是我知道的方法
: 若有更简单的方法请版友补充 XD
请问那我NCBI序列比对，是要比对相似物种全部的序列吗?
还是说拿酵素序列下去跟着比对??
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1F：推 yaliu:你要选殖的酵素基因序列就可以了 09/15 21:12