作者yaliu (雅)
看板Biotech
标题Re: [求救] 如何从未知序列筛选出兴趣片段
时间Sun Sep 13 00:51:24 2009
※ 引述《nau9231 (nau9231)》之铭言:
: 我拿到一个新的嗜热菌菌种。
: 我用快筛知道它里面酯解酵素(esterase)有很好的效果!!
: 可是它是新的菌种,基因序列都还未被定序出来。也就是说它是一个未知的序列。
: 所以现在我不知道要如何取我感兴趣的基因片段( 酯解酵素 )。
: 用限制?酵素去切吗??
: 可是限制?酵素必须知道自己的基因序列才可以知道用哪种限制?去切。。
: 可以给我一些建议吗??我该如何把我要的基因片段拿出来呢!!
是要将基因放大出来放到别的物种表现这个蛋白质吗??
如果你想知道这个序列长相,唯有将这段基因选殖出来
要作到表现,可能就要需要完整的基因序列
基因的选殖个人认为很靠运气啦~下面跟你说有哪些方法可以知道
首先当然就是要先到NCBI搜寻相似物种蛋白质之胺基酸序列,
多找几个,再进行alignment,当然物种蛋白越相似越好
再来针对conserve region设计degenerate primer
再PCR放大部份片段(template是chromosome)
再来呢,将这个片段定序後得到此基因部份序列的长相
接着,以不同限制酵素切割你的chromosome
接下来你有两种选择
1. inverse PCR
2. 小范围的genomic library: southern hybridization -->部份纯化-->cloning--->
colony hybridization 或一个一个挑起来check (by PCR...)
如果此酵素表现後,有很快速的方法可以知道他的存在
那麽clone就会比较好挑
以上是我知道的方法
若有更简单的方法请版友补充 XD
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