※ 引述《championelmo (elmo轩)》之铭言： : 请问 : 我有氨基酸序列 : 有哪种软体或是方法 : 可以让我预测出此氨基酸序列的三级结构会是如何？ : 或是推荐我一些web site : 谢谢 嘛嘛~ 有两种方式 一种是推文提到的homology modeling 也是最简便的方法 利用已经解开结构的蛋白质下去比对 图解 你有兴趣的 ===AAAA=====BBBBBBBCCCC====DDDDDD=== 已经解开结构的 假设A domain是大部分proein都会有的(很幸运的情况) Protein A -> ===AAA===========DD=== Protein B -> ===A=====BBBBCC== Protein C -> ===A=========CCC==D=== 於是就从ABC三个蛋白各取结构然後运算找出最适合你的序列情况的模拟出你的蛋白质 但是蛋白质在自然环境中是否长这样就科科了 另外不同的模拟方式模拟出来的三度结构 也是不同. 万一你的蛋白质序列在PDB都找不到相似超过一定比例的怎麽办? 那要先恭喜你找到novel 的结构 不然就是这结构不好结晶没人做出来过(￣y▽￣)╭ 不过就算有找到相似结构 要模拟出完整度高的蛋白不是靠一般PC或笔电电脑就跑的出来 要看蛋白质复杂度 CPU有几颗 还有你的迫切时间(修改详细参数下去用月算吧?) 第二种就靠单纯的量子物理去硬干计算 这需要的CPU跟时间又更久了(年当单位?) 而且不能计算太复杂或太大的蛋白质 不过如果真的硬干出来应该是比实验还准... 至於为啥要这麽久....简单说一下 E A-B-C-D-F G H 上面是原子等级的图 固定A原子後去计算B原子跟A的交互影响 然後计算C跟A的 之後DA EA GA .etc然後再分别计算各别之间後都取最小安定值 完成第一个胺基酸稳定状态接下来第二胺基酸开始算 然後还要再回去跟第一个比对稳定度 这还不包含环境参数 Orz 另外计算软体准确度高的话用买的比较好....不然自己功力够的话自己写一套 不是说网路上的不好 而是需要的运算能力好的大概要排队排排排.... 最简便的方法是叫你老板去找个做电脑资讯的老板合作抓另一个专门的研究生来搞 --

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