作者lenti (啄木鸟)
看板Biotech
标题Re: [求救] 关於重组target protein
时间Fri Jul 10 19:06:19 2009
※ 引述《reiosea (reiosea)》之铭言:
: 不好意思我表达不好
: 我想做的是把这个蛋白质重组出来,然後用Phage display找出有键结能力的peptide
: 我想找出可以有潜力去抑制这个化学感受器功能的peptides。
: 所以我只需要他露在细胞膜外的结构,而不要求其功能。
: 但是我现在卡在似乎这蛋白为unsoluble protein.
: 我怕说在做重组时这个蛋白会很难分离纯化。
: 那我想说是不是可以只把它soluble的部份做重组就好(当然这个部位必须是在细菌膜
: 外)。
: 我想问的是这样的方法可行吗?
: 再来是我该如何去找出这个蛋白质哪一段是可溶哪段是不可溶。
: 我去跑TMHMM发现这个蛋白质都是在膜外。
: 这意味着她其实为可溶性?
: 可以以此为依据吗?
终於看懂你的问题.
你其实是要做 phage display 的 bait protein, 但这个protein 可能是unsoluble,
不知道是否可以纯化.所以, 你想只表现可溶的部份.
问题来了, 你如何知道那些片段是可溶的呢?
再来, 你只表现某部份的 extracellular domain片段, 你确定他的立体结构会是一样
的吗?事实上, 是很大的可能会不一样的. 如此一来, 你用 phage display 钓出来的
的peptide 序列就根本是不正确的. 也就是说这样部份片段所表现出的结构, 在自然情况
下根本是不存在的.
蛋白质在膜外或膜内和表达之後可溶与不可溶是没有一定的关系的.
你的问题是表现蛋白时产物是insoluble, 这其实有很多方法可以去改善.
而且, 看起来你根本就还没做表现, 怎麽就预设立场认为他一定会做出 insoluble.
我的建议是,
1. 如果经费许可, 且有commercial的recombinant protein可选择, 你可以直接购买
来当你的bait, 即使是full length的也无所谓.因为, 如果你没有做过protein
expression的经验, 这里会遇到很多阻碍.况且, 後面也还会有其他问题,
不用浪费时间在这个步骤上.
2. 如果一定要自己做recombinant protein, 那建议你就是以不同的expression vector
来表现 extracellular domain 的整段protein, 这样才能维持立体结构的正确.
3. 个人比较建议你用 GST-Tag 来表现你的ECD protein, protein purity会较好,
毕竟是要当bait, 总不希望钓到其他杂蛋白. 至於, 万一真的遇到insoluble的问题,
也是有方法可改善的, 不用太care那部份, 正确的实验设计才会有可能有正确的结果.
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