作者andy731 (闇黑小喵喵)
看板Biotech
标题Re: [求救] 关於RT-PCR的一些问题
时间Sun May 17 01:06:55 2009
原文吃光光.....
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照您的说法~这应该所谓的半定量PCR (semiquantitative RT-PCR)
现在这种定量方式已经渐渐的被real-time PCR所取代
real-time PCR之所以可以取代半定量 是因为半定量有他的盲点存在
因为理想的PCR公式为 copy number ( N ) = sample (N 0 ) * 2^cycle number
但是这理想公式往往会因为Taq活性下降、dNTP浓度等原因使得PCR无法达到理想值
又因半定量PCR属於end-point侦测 (即跑完PCR=>跑胶=>依亮度回推定量)
因此容易受到 1. pipet error 2.UV-BOX灵敏度 3.PCR起始浓度、cycle数
等因素影响 导致照胶时发现伪阴性(无差异)因而误判为 无差异
========================以上是骗P弊的前言=================================
因此 如果经费上不是问题的话~我比较建议改采real-time PCR 进行实验
若是想试试看半定量的话~
请先拿你PCR产物用分光光度计做定量 (请先纯化)
然後做序列稀释 10^-3 10^-4 ..... 10^-8
让产物呈现 10^5 10^4 ..... 10^1
然後取这些浓度的标准品
做 cycle数测试 求得最适cycle数
ex:
10^-3 10^-4 10^-5 .....
10
C 12
y 14
c 16
l 18
e 20
22
数 24
26
28
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tube数 10 10 10
以上述的例子看来测试三个浓度就需要做30管PCR了
然後请取适量的PCR产物加等量的dye
在差不多厚度 相同浓度的agarose gel跑胶 (视产物大小,建议2%)
EtBr染的时间固定
照胶的条件固定 (光圈、秒数、焦距)
花了这麽大的功夫 终於可以定出"大概"的cycle数及浓度了
-----------------------这是骗钱的後续发展---------------------------------
先前我的实验也是想先做半定量
然後取差异大的再做相对定量 (想帮教授省钱麻!! 多贴心阿~) (原PO得意貌)
後来做real-time PCR看到图 才惊觉还是被半定量的伪结果给婊了
现在我都sample直接上real-time PCR
1个半小时内等PCR跑完可就解决一批该死的sample了~
而且又准确,何乐而不为呢?
p.s.1 我也是该死的准毕业生,但至今还不晓得是准毕业生 还准延毕生就是了
最近听到一位老师说了一句非常中恳的话
"研究生距离毕业时间越接近,越容易激发出潜能,发现自己是万能的!!"
大家一起加油吧!!
p.s.2 real-time PCR怕麻烦怕污染的话 直接买premix就好噜~
p.s.3 另外~RNA抽得好不好,cDNA转得好不好也会影响到定量的结果喔!!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 220.143.21.65
※ 编辑: andy731 来自: 220.143.21.65 (05/17 01:12)
※ 编辑: andy731 来自: 220.143.21.65 (05/17 01:28)
※ 编辑: andy731 来自: 220.143.21.65 (05/17 01:44)
1F:推 chvkimo:写得很中肯 大推 05/17 11:54
2F:推 Highwind:推,错的方法做一万遍也没用,硕毕後唯一的心得 05/17 15:11
3F:推 owl628:谢谢回答喔~我会试试看的^^ 05/17 22:17
4F:推 bigcat24:大推~ 抓条件时reagent也是很伤的 05/18 09:35