我们实验室用的方法 是把该promoter sequence送到程式里去分析 会被何种TF binding 你可以上网找找看这类PROGRAM 不然GOOGLE一下找 TFSearch 这个网站 选择送入序列的物种 他会帮你预测每个TF BINDING的 ABILLITY 之後再按预测的位置设计PRIMER就行了 我想这样是最省钱的 footpriting或EMSA是早期不知道的时候用的 但现在BINDING SITE或各个TF 都已建有DATABASE 所以我想应该不用去做 个人意见 参考一下 ※ 引述《ddlittleq (卷头闷)》之铭言： : 最近实验上遇到一些困难 还请各位生化分生的先进 指导不才小弟 : 我想用ChIP抓下某一个transcrioption factor接合的promoter : 但是未有文献能参考此TF结合上promter的位置 : 我看过之前有做ChIP技术的paper 是抓下要的片段後 再去PCR : 但是我现在困惑的点是 如果要做PCR 势必要设计一段primer : (由於这是我第一次碰到这麽分生的问题@@" 对primer有着很大的疑问 : 如果问出很见笑的问题 还请多包含) : 问题. : 目前我知道primer的BP对应越多 接合越好 : 虽然已经抓下与TF作用的promoter片段 : 可是"不知道promoter上是否有多个TF的binding site" : 我怕不只抓到一段@@" : 由於"抓下来的promoter片段不知道位置" : 所以连设计primer都是个大问题 : 请问各位生化分生的前辈 "有没有什麽技术能知道TF接合promoter的位置在哪"? : 小弟只是个医技系的大学生 还涉世未深 : 碍於实验室经费的限制 为人小的不敢向实验室提出太大要求 : 所以也恳请各位大大>"< 能帮我多考量"经费"一项要素 囧rz : 由於我们实验室主轴不是生化分生 所以仅有基本的技术 : WB IP PCR qPCR 近期可能会多ChIP : 实验室学长有再考虑加把买进 想多用个EMSA : 我虽然有先看过EMSA的原理 不过还是雾煞煞... 也希望高人能对我指点一下这部份... : 我印象中学校上课有教到footprinting 但不知道是不是对抓promoter的位置有用处@@ : 如果上述问题有很多怪怪之处 还请多原谅小弟学不专精阿>"< --

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