作者ayuba ()
看板Biotech
标题[求救] ligation
时间Sat May 9 03:42:53 2009
我的insert大小2kb要接到pGEMT Easy(3kb)里
PCR用的Taq是invitrogen的Platinum® Taq DNA Polymerase High Fidelity
PCR的condition是94 2min
94 30sec ---
55 30sec |- 35cycles
68 2min ---
72 15min
ligation condition:
insert 3uL
vector 1uL
ligase 1uL
2Xbuffer 5uL
很奇怪的是用此kit做1kb以内的product一样接到pGEMTE里就接的起来
但很奇怪2kb怎麽接就接不起来,PCR也重做过很多次
虽然此组Taq具有pfu的能力,他也同时添加了一般的Taq,根据我们老师的说法
在cycle完後加上72度C 10分钟即可让一般Taq working 做A tailing的动作
600~800bp的没问题,2k这个怎麽接都接不起来,我一度还怀疑是product太长导致A tail
无法完全,因此72度加长到15分但结果还是一样
但我们老师以前这个pcr kit clone过2.9k的product 所以照理说应该不是kit的问题
用一般的Taq无Pfu也做过一次,结果还是相同
说一下结果的情况好了,transform前会加100mL LB or SOC recover 1hr@200rpm
蓝白筛的结果白菌的数量通常比蓝色少,colony都没有很大
通常是只要有白色就全挑
如果ligation成功,用EcoRI去切完跑电泳vector的band会比insert亮
600~800bp做出来是这样没错;
但2k的那组切出来也有2K左右及3K的band可是
2kb band位置会往上shift,且2Kb左右的band会比3kb的亮,所以ligation不成功
简单的TA cloning为什麽会变得这麽困难
有人会怀疑可能buffer坏了,promega我们买了已经有3组也有另外单独买buffer
新送来就马上做也是做不出来,competent cell也是用益生的YE607
================================以上是TA cloning===================================
另外一个是insert(2K)用ApaI/BamHI切出,vector(4K)也是用ApaI/BamHI切出我要的
ApaI是用25度切4 hour再用BamH37度切4 hour,用的是NEB的酵素
vector取20ug;insert取30ug下去切想说这样应该够浓了吧
切完跑电泳check大小皆正确,切胶再用QIA的kit去extract
为了算比例还特地会去测浓度在算molar ratio比例1:3下去做
用过很多种ligation kit,没有一次transform是有长半颗的...
transform前会加5倍体积LB recovery 1hr 都有菌生成
但涂了plate後不会长就是不会长
已经卡关卡了半年了,做到都快烦死了...希望有经验的人来指引一条光明的路
我们楼上的实验室也是在做clone,情况也是跟我们差不多,我们两间都是新的老师
新实验室,我老师跟他们老师也都有亲自下厨做过也是一样不是没长半颗不然就是切出来
大小不对,还一度想说是不是要来拜拜一下,做到发疯了 > <|||
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 219.71.14.139
1F:推 conective:A tailing单独做, PCR产物只加dATP做做看 05/09 12:31
2F:→ conective:cycle数降到28 05/09 12:32
3F:推 conective:第二个提高molar ratio 如果有用抗生素筛降低浓度试试 05/09 12:35
4F:→ conective:ex: Amp100→Amp50 or Amp20 05/09 12:35
5F:推 davideason:pcr 最後也请改成 68度c 05/11 14:39
6F:→ davideason:对了 pcr时间改成两分半 这只Taq稍慢於一般 Taq 05/11 14:40