作者ftsyice (Matt)
看板Biotech
标题Re: [求救] 关於NCBI网站的使用方法
时间Thu Nov 13 00:11:59 2008
※ 引述《mitchlai (mitch)》之铭言:
: 假设你要进行大象(pyruvate dehydrogenase)之研究,且该之该酵素胺基酸序列及DNA序列
: 均未知,请由网路资料库现有之资讯设计退化性引子,并说明如何应用在PCR方法求得该基
: 因之全长序列.
: 我只知道去NCBI的网站找~, 在 search 的栏位选择 gene 这一选项吗?
: 那FOR 是要打pyruvate dehydrogenase??还是什麽?接下来又该怎麽做?
: 请会的人告诉我~
: 谢谢~感激
1.)
gene输入pyruvate dehydrogenase
选取你要的基因,点入。
中间有一栏为Genomic regions,选取你要的Form
点选FASTA,会出现基因序列。
选择NCBI中的BLAST
将FASTA里的序列复制到Primer-BLAST or Primer3网站
点选,电脑就会帮你把Primer设计出来
2.)
将电脑做出的Primer再去和其他Isoform或别的物种的相同基因进行BLAST
因为要的是degenerate primers,我们希望都能抓其他相似基因。
3.)
以上顺利的话,把此段Primer,去抓你未知的DNA序列。
顺利抓到的话,再做Inverse PCR应可知道此基因的序列。
PS
术语尽量用英文,退化性引子我第一次听到。
NCBI中找到的序列,可以取变异性较小的片段来做Primer。
以上是我推论的,可行性不知,有错请指教。
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◆ From: 61.230.8.174
※ 编辑: ftsyice 来自: 61.230.8.174 (11/13 00:14)