作者EscaflowneXP (Justin)
看板Biotech
标题[求救] hsp 70 promoter 序列问题
时间Sat Oct 18 09:43:11 2008
小弟 最近在p老鼠的hsp70 promoter
在这篇paper :
http://0rz.tw/f54V1 看到
他是用NCBI上查到的Mouse heat shock inducible (hsp70A1) gene, complete cds.
（
http://0rz.tw/244IE ）
上面的1~20 和 1043~1032去当hsp promoter的 primer
可是都p出很多杂band 让我开始怀疑promoter sequence的正确性
因为 这个hsp promoter (
http://0rz.tw/244IE 1~1043) 的序列
为何和 genome sequence:
http://0rz.tw/134Us http://0rz.tw/634Vc
上面 查到的genome sequence 上游的promoter 序列不同呢？
两者的不同在於 两者的序列只有前500bp是比较类似的
所以想请教各位高手 我到底要拿NCBI上面complete cds的序列去设计primer
还是要用 genome database 上面的序列去设计primer???
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有没有可能是template 不同的关系 所以我才p不出来？
http://0rz.tw/f54V1 paper上所使用的template 是3T3 L1的 cell line
而我所使用的是 NIH3T3的 cell line
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