※ 引述《higamanami (大眼埃及猫)》之铭言： : 有个我想研究的蛋白 : 目前只知道某个transcription factor会bind到enhancer上 (A) (B) : 增加此蛋白的转录情形 : 在mRNA 或蛋白上 都能看到增加 : 其他有关这个蛋白的调控方式都没有相关报导 : 而我给细胞的处理是给nuclear receptor的agonist (C) : 在第三天後从Western blot发现此蛋白的量减少 RT-PCR上可看到mRNA减少了 : 现在想找寻分子机转 : 另外 有一可能是我自己想的 : 搞不好trancription factor bind 到 DNA上抑制转录 : 可是到了3天後才有效果 有可能吗 这可以用DNA footprinting 来检验吗 footprinting应该只能看有没有蛋白binding在你要找的片段上... 假使repression是发生在(A)的修饰或是protein-protein interaction 可能就看不出来... : 关於1-7种可能 在资料有限的情形下 要用甚麽方法来找到属於哪种情形呢 : 以下是我设想的方法 : 1 抽核蛋白 用CO-IP 先用抗体抓下最前面所提到的transcription factor : 再做western blot 看看我活化的nuclear receptor有没有在里面 既然调控方面已知的很少,要不要试试先把所有参与转录的factor先用CO-IP 或是Pulldown先抓下来,或是对相关可能基因的表现量作一个差异性的比较... 先厘清你加入的(C) agonist反应发生在DNA,转录,转译或是转译後修饰... (不过mRNA表现量下降就几乎可以确定转录受到调控,除非是mRNA被快速降解) 先缩小搜寻范围再来考虑其他的效应... 这样一来你2-6的东西才能在更细分下去... : 还是要有个internal control先normalize? internal control在做基因表现以及调控抑制的实验中是绝对必要的... 拙见... -- 你怎麽对待你的实验...它就呈现出怎样的结果...不是吗?? --

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