作者waitingu ( )
看板Biotech
标题[求救] 关於splicing form的问题~
时间Thu Sep 25 16:01:18 2008
最近老板突发奇想...想从许多candidate gene中
观察是否在不同癌细胞株内有不同splicing form的存在
因此我们设计了许多primer去夹那些gene的coding region
接下来问题来了...
1.许多gene除了预设大小的band以外，还有一些其他的大大小小片段也被p了出来
如果拿那些片段去定序，结果会Blast到不同chromosome上面的其他gene
除了primer可能不专一以外，有别的解释吗?!
2.有一些gene，p出来的major band很明显就是那一条，但大小与预测的不符，定序後
也是对到其他的gene，但一开始用primer Blast结果是无误的，这要怎麽解释?!
(举例：此gene我是一开始是去夹全长(2100bp)，结果p出来的band大约是500bp
切下来定序後99%对到另一个gene；之後重新设计primer，改夹CDS，却又能夹到
原来想p的gene)
谢谢高手们的解答~感激不尽~
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