作者sleepyday (Part time研究生~)
看板Biotech
标题[求救] 会产生杂band的primer会让定序失败吗?
时间Sun Aug 31 19:19:44 2008
先说,
我的primers不会在目标基因中段里面有互补,只会在头尾有,
但我用这组primers去p经纯化後的gene却仍然会产生杂band(size较小),
那我想请问,如果我用这组primers来定序目标基因的话,
会造成全段序列无法定完吗?
因为我之前送过一批定序,
是把目标基因经过pcr後跑胶切band回溶等处理,再送定序,
但结果却都定不完全长,定序图上後面peak都消失不见了,
虽然当初送的sample浓度似乎有点低,
但我想问,是否定序失败也可能是因为这组primers所导致的呢?
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 61.64.142.62
1F：推 dankai:你第一个问题!既然有杂band你再拿那组paimer去定的话~一定 08/31 19:35
2F：→ dankai:是杂讯!!! 第二个问题~ 你的band多大~大部分定序公司都会 08/31 19:36
3F：→ dankai:说~他们机器大约只能定出多少大小的序列!一般为800左右 08/31 19:37
4F：→ dankai:所以比较大的序列都会定两端去接!或者再送中间的引子去定~ 08/31 19:38
5F：推 qqo8855436:有杂band有可能会影响结果，2端都分别试看看 08/31 19:44
6F：→ sleepyday:目标大约1100bp,我有用两头去定,但都不到300就没讯了, 08/31 19:58
7F：→ sleepyday:其中FP是我自己设计,但RP是别人paper写的,他们也做定序, 08/31 19:58
8F：→ sleepyday:所以想说如果问题是在primer,那我就乾脆FPRP都用他们的. 08/31 19:58
9F：→ sleepyday:anyway,thanks~~~ 08/31 20:00
10F：推 bider:定序时还要再用其中一股primer在p一次 应该会更乱.. 08/31 20:28
11F：推 dankai:我建议是提高template浓度再试试!参考看看吧! 08/31 20:30
13F：推 weric0207:建议condition test 提高PCR温度 杂Band会影响结果判读 09/04 16:20
14F：→ weric0207:Gel extractiona没纯化好 也会有所影响 09/04 16:22
15F：推 weric0207:不然设计两对primer来overlap这个基因 09/04 16:26