作者sGoat (无三小羚羊)
看板Biotech
标题Re: [求救] Cloning问题
时间Tue Aug 19 09:43:24 2008
※ 引述《veltine (Time go by~~~)》之铭言:
: 最近在clone一些转录因子大小约1-3kb左右
: 先简述一下我如何clone…Orz
: 1.先确定这些基在老鼠身上,何时、何处会表现?
: 2.利用invitrogen Trizol萃取RNA
: 3.利用Bio-Rad iScript-cDNA-Synthesis合成cDNA
: 4.设计primer(长度约30左右,因有加RE site)
: QA:不知道是我设计的primer专一性不够高或是其它
: 原因,PCR完之後跑胶会有很多band?已试过
: gradient temp,还是有很多band…Orz,所以我
3'以及5'UTR所以长度有很多种
: 直接切下我要的大小片段的gel,之後subclone
: 到Topo vector上,在colony PCR及enzyme digestion
: 中,其片段大小都是正确的…
: QB:我成功ligation几个gene到vector上,定序之後
: 发现只有primer序列是对的,而中间序列完全是
: 错的,与老板讨论之後,有可能是genomic DNA
: 污染了?
先看看是不是primer设计不良
: QC:回头看看合成cDNA用的kit,说明书上写最佳合成
: 片段约1kb,但是有我clone出正确的gene约1.5kb
: ,是这个原因造成我有些gene,clone出来是错误
: 的序列吗?
1-3K是正常情形,若长度更长要分两次加RT酵素效益才比较好
protocal上那样说是因为它预设RT时间为一小时左右
: QD:有人知道reverse transcriptase的合成速率吗?
你看它建议时间与最佳片段就可大约推算出来
但是一般来说还是不会比Taq快...
: 一般的incubation时间只要一小时左右,这样要
: clone大片段gene会clone的出来吗?可以推荐
: clone专用的reverse transcriptase吗?
其实MMLV RT都大同小异差的是kit里面附的primer
所以回头看一下你的primer比较重要
: 以上感谢各位回答…谢谢
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