作者xenograft (努力尝试学以致用中)
看板Biotech
标题Re: [求救]请问PCR products用restriction enzymeꐠ…
时间Fri Aug 15 02:18:24 2008
: 我在还没切的PCR products 是198 bp,使用restriction enzyme是会分成为
: 20bp、78bp,但切前和切後我发现,切前marker 的100bp指标下每个sapmle
: 都会有雾雾的一条(有的人说那是primer的残留,但後来跑PCR时我的primer
: 只加1μL,原本这样的情况已经不见了,但这次我换了另ㄧ家厂商的Taq,不知
: 这和Taq的关系大不大 ? 因为换了後这次又出现了那条淡淡的ban),这样和我
: 有切的照片看起来,会觉得我有切的那照片真的切出来的下面一条是78bp还是
: promer的残留?
唔...根据以前的经验 通常primer dimer不会多长
跑胶时跑久一点就可以比较明显的分出了
而且应该要先check primer sequence是否会形成dimer
然後根据下文的condition
我觉得primer浓度可以再下降些
我们实验室是以总体积20μl primer浓度2μM各取2μl
这样子就可以减少primer dimer形成的机率
: 另外一个状况是,我的templete DNA是口腔黏膜细胞,其实量的品质很不
: 一定,拿去跑PCR,不切的话ban算亮的,但ㄧ拿去切,就变的很淡,有没有什
: 麽方法可以让他清楚点?? DNA去测OD范围有点广 40~800 ng/μL,我一直try
: 条件,感觉都try不到比较好的状态。想
: 请教各位前辈!感激不尽!
这边的话我觉得相同DNA的总量会比加入相同体积好
你可以做PCR前先测DNA的浓度
然後调整到每管DNA的量约在160-200ng之间
这样子也可以减少因DNA量少而生成primer dimer的可能
此外DNA量增加也比较容易去分辨是否为primer dimer
如果真的担心盐类会影响digestion的话
是可以用一般的Phenol/Chroloform的方式来纯化DNA
但是要注意有机溶剂很容易影响之後的digestion
会导致原本可以digest转变成无法被digest
另外降cycle数也是个减少盐类的方法
只是这样的话template的量就要增加
还有跑胶...我之前的实验用1.5% agarose gel就可以分出100bp左右的band了
(我们实验室用的是Seakum Agarose Gel)
不过像是这种比较小片段的DNA可以尝试使用"Nu Sieve Agarose gel"
它号称可以分出最小50bp的片段 不过似乎比较贵些
以上是我之前的经验 希望对你能有帮助罗^^
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.142.224