作者Fourfish (~四条鱼~)
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标题Re: [求救]请问PCR products用restriction enzymeꐠ…
时间Thu Aug 14 11:46:14 2008
: 跑PCR ,total volume 30,water 19.85,primer Forward and reverse
: 各1,10x dNTP 3,10xPCR buffer 3 ,Taq 0.15 ,Template DNA 2
: 以上单位都是ul。但我的DNA浓度品质不一~OD从 40~800 ng/ul
: 使用restrition enzyme: PCR products 5,water 16.4,10x Buffer 2
: 50X SAM 0.6,enzyme 1;total volume 25,使用的厂牌是Fermentas
: 它的protocal是PCR reaction mixture 10ul(~0.1-0.5ug of DNA)
: water 18 ,10X Buffer Tango 2,50XSAM 0.6,enzyme 1-2
PCR的condition似乎没问题(毕竟你都跑出来了...XD)
但Restriction enzyme的浓度有点不对喔!
protocal的体积是20ul 你自己提升到25ul的话 buffer的量也要依比例做调整
: 因为考量到我的PCR products加10会切不完整,~所以才加5,但照我的想法
: 我的DNA量不算太少,切出来应该会很清楚,但不知为何拍出来照片都很淡
: 我一直找不出原因。
你指的很淡是切出来的产物对吧?
原因是
1.你的DNA已经先被稀释了5X 但这不是最主要的原因...
2.主要的原因是DNA的亮度取决於"片段长度跟量" (简单的说就是nucleotide的量)
片段越短所要达到相同亮度 需要的数量就要更多
你的PCR product被RE切成更小的两个片段 当然两片段的亮度就会下降啦!
如果想要让RE产物变亮一点就多提高加入的PCR product的量
如果怕RE切的不完全 可以拉长作用时间(1-2hr)
前提是你用的酵素不会因时间太长而乱切XD
再者 建议你做RE reaction时 每隔20-30min做一次spin down跟轻弹的动作
把蒸到盖子上的水气离心回溶液里 以维持正确的浓度
还有一招就是...
因为酵素会逐渐失活
所以在反应时间超过一半之後 再加一点点(0.2-0.5ul就够了)酵素进去
如果你用的酵素很贵的话...我不建议你这样做...
但如果要这样做的话...
那记得不要让你老板知道...XD
以上 希望对你有帮助 祝实验顺利~
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