一开始我就猜环境检体可能是水... 不知道为什麽 只是直觉吧 给你一个案例参考 以前看过某实验室计画作水源的隐孢子虫污染实验 结果他们必须采集的检体数量 几乎是要过滤掉一整个水库的水量 才能够收到足够的检体进行後续实验 大概就是拿一个滤网在水源出口 经过天长地久之後才去收回 最後抽DNA用PCR去监定数量跟种别 -->这个实验的设定还是有特定目标要监定的 个人觉得你们的实验有点问题 如果我是你们的committe成员 计画大概会不给过 想监定细菌 用PCR後续clone的方式不是很好用 如前面有人推文说过 也许用选择性培养基的方式是比较好 第一个是你们不知道可能有哪些细菌 前面你说过用培养的可能会有预设的偏见 那难道你用PCR设计primer 就会没有预设的偏见吗 没有预设可能得到哪些菌株 你要怎麽设计primer 有根据特定菌种设计了primer 那就跟你选择特定培养基一样 也都是预设的偏见啊 就算你使用random primer好了 夹出一堆乱七八糟的产物通通送进vector里面去 然後用vector primer一个一个作sequencing 那不就跟人家作EST 一样 动辄得数千上万条sequence才会有生物学上的意义 但是这样做的预算 可是以千万为单位计算的 你们想作的是水样品里面特定的菌种 还是里面的菌谱呢 作特定菌种 那简单 设计几条primer夹夹就结了 作菌谱 那可是大工程 你说一个样点一两万可以考虑 但是只有一两个样点的实验结果根本不足信 数十个样点 我想高中科展应不足以支付这样的预算 不知道这边有没有array的行家 其实如果有 microbial array chip 一片就全部搞定了 不过 用市售的array chip作科展 似乎怪怪的 而且我在想 这样的实验一定有人做完发表过了 Orz 最後 想偷偷提醒你一下 如果你们的PCR产物够专一 根本不必作clone和enz digestion 连纯化都免 就可以送样品作sequencing了啊 在实验室的经历很重要 切勿小觑 ※ 引述《puec2 (^^y)》之铭言： : ※ 引述《acor (丸子)》之铭言： : : 很抱歉~~没有写得很清楚(排列不好) : : 1.请生技公司从 抽ＤＮＡ　ＰＣＲ　cloning　and enzyme digestion and 定序 : : 全作的价钱 : : 2.环境样本是 水 : : 3.含有物种的种类有多少? 每个单一物种可能数量有多少? 皆未知 : : 4.监定的物种为何? 细菌 : : 5.是否已有预设可能会找到哪些物种? 没有(所以应该PCR会放下一推primer吧) : : 6.因为实在有太多工具和耗材都没有 (且金额有限) : : 所以想要只做"一点样点"送给科技公司 (这样就不用买工具和耗材放着屯) : : 7.这个实验不是主题 只是想要更加完整内容 : : 我们想过一个样点大概如果是一万元-两万元 (就会想要试试看~~) : : CC~~~(没人知道答案吗? 还是生技公司没有在作) : 这让我想到Craig Venter之前来演讲的东西。他们到海上捞一桶海水起来，就开始抽 : DNA然後用chip去看里面有多少种类的细菌。你们也是想做类似的事情吧？ : 我猜你的意思应该是 : sample-->DNA-->PCR-->TA cloning-->Pick colony-->Plasmid purification-->seq. : 据我所知很多公司都有提供代客cloning的服务，我没记错的话一个construct要 7~8千。 : 所以起跳应该就是7~8000。要再加多少钱，其实是要看你想看多少颗colony。定序一个 : colony 300~400。看得少了，这实验就没意义，因为没有代表性。看得多了，花得钱多， : 而且万一不幸里面的菌的种类很少，一堆重复的，奇蒙子又不好。自己斟酌罗。 : http://www.sorcerer2expedition.org/version1/HTML/main.htm --

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