※ 引述《acor (丸子)》之铭言： : 我想问的是 : 从环境样本　到把序列作出来 : （中间会经过抽ＤＮＡ　ＰＣＲ　cloning　and enzyme digestion and 定序） : 请问要花多少钱？　（生技公司可以做吗？） : ＰＳ：高中科展想做的一部份（知道会花大钱～～但是想要资料完整一点） : ＰＳ：大致上”环境样本”的细菌并不知道是物种（很多物种）　 : 　　　但是藉由分子技术　来找到”种名” : ＰＳ：老师说如果可以负担的话　选择性做某一些样点的环境样本 : 　　　（因为我们对ＤＮＡ监定　知识并不是很深入 : 　　　　所以老师并不建议我们到大学实验室操作--＞说这样很像技术员 : 　　　　当然之後我们会去看别人操作整个流程） : 　 : 谢谢回覆 推文太麻烦 直接回覆 首先 你所谓的环境样本是什麽 水? 土壤? 堆肥? 其中可能含有物种的种类有多少? 每个单一物种可能数量有多少? 你想监定的物种可能为何? 细菌? 真菌? 病毒? 原虫? 想要做PCR放大 是否已有预设可能会找到哪些物种? 如无特定目标 primer如何设计? 环境样本的种类与数量直接牵涉到抽取DNA的难度 物种本身的差异性又影响抽取的方式 如在检体中目标生物数量过低 是否必须先放大後在萃取 如克服以上困难後顺利抽到DNA 所需使用耗材如下 抽DNA算运气好一次到位 五百元吧.... 但环境样本似乎没那麽简单 Primer 一对约800元 前提是设计正确一次就奏效 不然就得重新来过 PCR reagent 这个没有零买的 准备个两千元买一组buffer跟一瓶Taq PCR跑完难道不跑电泳验证产物? 接着只好继续花钱 Agarose gel 一公克大约8～10元 不过也没有人散卖的 买小包装五百公克的吧 Running buffer 买预泡好的Stock随便算200元 其实一般都是大罐装 所以低估了 跑完电泳 也不能霸王硬上弓直接clone 来个PCR clean up, 一个反应大概100 不然就是gel elution 也是100 如果你PCR产物非常单纯专一 （环境样本杂菌多 不容易） 也许可以用TOPO 之类的clone kit 不过一个反应就数百元 不划算 而且一次要买一组二十个反应 买一般的vector 一个反应也至少百来元 初次进实验室的不太可能自制TA clone vector 所以只好花钱买 T4 ligase, ligation buffer的成本就算在vector里面好了 但便宜vector多半没有附ligase 所以可能要追加一点预算 成功送进vector 後 就得送进competent cell中放大 competent cell 自制或购买 台厂可降到100元一管 做完transform後要涂agar plate bacteragar, antibiotic, Xgal/IPTG都是钱 Xgal还挺贵的 一个plate多少钱 这成本有点算不清 也没想过要算 好不容易挑到想要的东西 Enz digestion? 看什麽酵素价差很大 不过要先抽plasmid 一个反应一百元 酵素处理过後又要跑电泳 还是钱 那直接拿 plasmid做PCR 也是要钱 最後再送去生技公司作序列分析 其实这一步最便宜 一个反应三百元..... 经过了上面那一大堆罗哩罗唆的程序之後 你会觉得这三百元真是有够便宜的 我不知道高中科展的预算是多少钱 不过看来你们似乎有点低估这个实验的技术层次 首先在实验设计方面 个人觉得有颇多可议之处 以复杂的环境样本来说 如果没有特定目标生物 以gene cloning方式定序DNA会是监定物种的最佳方式吗? 如果有特定目标 以realtime PCR就可知道有无特定物种存在 甚至可以定量 还有 你们想找的物种 基因序列都已知吗 有无序列未定的物种存在呢 如果找到一段未知序列 如何确定此序列来自哪一特定新物种? 另外 我并不觉得所谓到大学实验室操作就会像技术员 在上述提到的实验流程 其实中间有很多理论与奥妙之处 虽然没有所谓科学上的原创性 然则以学习的立场 尚有很多可学习之处 primer的设计 ligation的条件 PCR产物电泳图的判读等等 今天假设生技公司从环境样本开始到你指定的物种序列全部包办 学生顶多就上山下海拿样本 付钱给别人之後过一段时间收到一张序列图 在高中生科展的教育意义上 可能效果相当有限 阿哩阿杂讲了一堆 其实我的主要议题是 定序的价格不是最重要的 实验设计才是真正的重点啊 希望对你有点帮助 --

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