作者meiosisLin (吽爸)
看板Biotech
标题Re: [求救] real time PCR variation 很大(同sample)
时间Thu Mar 20 14:03:06 2008
我算了一下你的primer
self dimer, cross dimmer ,hairpin都没什麽问题(或者说真的还不错)
primer浓度稍微高了点
你的浓度是400 nM final con.
ABI的建议在100~300 nM...这个部分可以试着降低点
And 你是用SYBR Green吗?
如果有附产物可以在Dissociation curve中看到多个山峰
※ 引述《apoptosis (good job)》之铭言:
: 谢谢大家推文回应 下面是回应推文的问题
: 我们实验室只有我一个人做 很多东西我都不太懂 请教一下前辈
: 1. 我不知道怎麽作melting curve 稍微看了一下 好像是在amplify之後
: 请问软件上面是否就有内建的程式可以跑 我用的是SDS2.0
: 2. 我的primer是别人设计的
: GCGTTCGGCACGGTGTATAA GGCTTTCGGAGATGTTGCTTC
: 昨天用beacon designer run了一下 发现是poor =而且有很多dimer
: 我发现dimer有一个量化的数delta G 一般介於0到-2 之间 如果没有dimer的话是0
: 我还不太知道那个值有什麽意义
: 我准备定一对没有dimer的primer试试看
: 3. 50 bp的确是比较模糊的一条band 但还是满亮的
: 我准备把primer 降低一倍再试一次
: (原本是10uM primer 取1 ul mixture in 25ul total)
: 4. 我用的机器是ABI7900
: 谢谢大家
: ※ 引述《apoptosis (good job)》之铭言:
: : 最近作real time遇到困难
: : 我的问题是这样
: : 1.primer + mixture 也有大约20~30 cycle, 我怀疑污染 就去跑胶
: : run gel发现有加cDNA的有两条BAND,
: : 一条在100bp 是我的产物 另一条在约50bp 我怀疑是primer dimer.
: : 如果不加cDNA 就没有100bp那条 只有50bp
: : 现在不知道要怎办 只能redesign primer吗?
: : 如下图
: : M cDNA+primer primer only
: : 一
: : 一
: : 一
: : 一
: : 一
: : 一 一
: : 一 一
: : 2.我的variation非常大 大概会有3~5个cycle(同一个sample)
: : 不知道是不是就是primer dimer造成的.
: : 现在一头雾水 请教大家 谢谢
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◆ From: 140.109.40.140
1F:推 soom:primer浓度可以再降 我是0.25 ul / 20 ul 03/20 16:19