我在研究某个gene的转录调控，我对细胞treat hormone， 或是transfect一些factor到细胞内，接着收细胞，抽RNA，转 成cDNA做Q-PCR，看该gene是否有被induce or down-regulate， 结果RNA大概可以看到上升2倍，但是因为该gene在HepG2 cells, HuH7…等Hepatoblastoma, HCC cell line内表现量非常低(但是 正常liver很高)，所以protein level看不到，western blot根本 压不到，因此只能看RNA level而已，但是至少RNA看到induce。 另外，我也想用luciferase assay去看是否真的符合RNA看到 的情形，我们家之前有clone出大概2K的promoter，clone到pGL3-Basic， 做了5 RACE找到start site，也做5 deletion去看不同片段的活性找 到minimal promoter，以上是对这个promoter construct已经做过的实验。 问题是，我对这个promoter luciferase construct，做treatment or transfection，都看不到有induce的情形，也就是RNA level看到， 但是 promoter luciferase assay却看不到有作用。 有可能是此调控的region 不是位在我们clone出的2K promoter，有可能在更上游或是在intron(我只能这样解释)。 想请教大家，还有哪些实验可以告诉我们clone出的promoter就是 该gene的promoer，因为我一直怀疑，该promoter是否真的就是我想研究 gene之promoter， 因为luciferase assay data 不符合 endogenous RNA data!! 苦恼苦恼 谢谢大家 -- im a good student --

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