作者transmore (小次郎)
看板Biotech
标题[请益] 关於基因专一性探针的问题(gene-specif …
时间Mon Apr 30 22:58:18 2007
※ [本文转录自 Biology 看板]
作者: transmore (小次郎) 看板: Biology
标题: [请益] 关於基因专一性探针的问题(gene-specific probe)
时间: Mon Apr 30 22:05:46 2007
因为实验的需要
我要设计专一性的探针
用来分离、确认相似度非常高的基因(植物的gene family)
相似度高到约1000bp的基因只有约5个mer的差别
要找出大片段的差异区来设计probe是不可能的
但是如果在20bp的区域中有两个mer的差异
这样的probe能分辨不同的基因吗?
举例来说
如果我有两段序列如下
1.***********GATGGTAGAGTGATACAGAC****************
2.***********GATGATAGAGTGATTCAGAC****************
^ ^
*表示完全相同的序列
如果我设计的probe是与1号序列完全配对的20个mer
用这样的probe去筛选时
会黏到2号序列吗?
又..如果会黏
我加高wash的温度..可以让他从2号序列洗下但还是黏在1号序列上吗
如果加高温度是可行的
那我要如何计算这样不完全配对时的Tm值?
是直接扣掉那两个没配对的地方来计算吗?
因为我没有这方面的经验
怕这样小的差异..没办法让我分离这两个基因
想问问各位先进的看法如何
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 61.219.63.189
※ 编辑: transmore 来自: 61.219.63.189 (04/30 22:14)
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 61.219.63.189
1F：推 aggaci:若只是想看量的差异, 可以试试QPCR 04/30 23:19
2F：推 transmore:不是要看量的差异..是希望做southern时..只会黏到1号 04/30 23:46
3F：→ transmore:而不会侦测到2号 04/30 23:47
4F：推 nixo:我认为可以拿real-time PCR作SNP实验的方法。只有1mer都能测 05/01 02:09
5F：→ nixo:用southern就要考虑这两个基因含旁边的区域，用限制酶切有无 05/01 02:11
6F：→ nixo:差别，否则probe不同也没用，因为差异太小电泳位置分不出来 05/01 02:13
7F：→ nixo:参考关键字allelic discrimination 05/01 02:16
8F：推 transmore:是的..我是要用限制?切genom 再跑电泳 05/01 09:51
9F：→ transmore:先谢谢楼上的建议..我去找找Allelic Discrimination 05/01 09:52
10F：推 transmore:要做Allelic Discrimination 的probe好像很贵>< 05/01 10:51