※ 引述《[email protected] (第一科)》之铭言： (请原谅我没有按照你的问题顺序回答..) 扫出来以後的原始图档，通常会进一步用影像分析软体转成存有表现值的文字档 然後再进行往後的数据分析，affymetrix的平台好像会直接扫完後就存成.CEL档 至於cDNA array则是可以利用GenePix(商用)、ScanAlyze(免费)等软体处理後 一样也是会转出存有表现值的文字档 下一步的数据分析就用 R (这是免费的统计程式语言)、GeneSpring等软体去做 这里就不赘述了 通常做 Microarray对实验室来讲都是一个沉重的经济负担，所以如果能想办法 得到别人在差不多条件下已经完成的实验结果，就可以节省自己的实验经费， 并增加样本容量。但是问题来了，光是把sample来源、实验的操作步骤等资料 公布，也许你公布出来的资讯并不完整，别人并不能够确定你的实验结果是不 是能够给他用做参考。在这样的情况下，MIAME(Minimal Information About a Microarray Experiment)的出现帮我们省了不少麻烦，或者也可以说是增加了 整理资料时的麻烦；我们根据MIAME所制定出来的标准，将描述一个Microarray 所需要的最少资讯给整理好，然後全部一起丢上网路公开，这样子别人就能依 据这套标准来了解我们的实验结果，是Oligonucleotide还是cDNA，杂合用的 条件会不会造成影响，所要参考的基因在哪个位置等等。 要不要将结果存成MIAME的格式，我个人觉得应该是要看你有没有想要将自己 的实验结果公开，因为要整理出MAIME格式的资讯是蛮繁琐的一件事情，想要 亲身体验一下的话可以到EBI的MAIMExpress网页看看 ( http://www.ebi.ac.uk/miamexpress/ 需要注册) 这里会用网页输入的方式帮助你一步一步将自己的实验结果整理到符合MIAME 的要求，然後当你按下submit之後将data送审，通过之後就会进入EBI的另一 个资料库ArrayExpress中储存并供人查阅(可以自己设定开放的时间点)。 不过我一直还没有找到将完整资料从ArrayExpress上抓下来的方式，所以处理 起来感觉不怎麽方便，这部份也还请各位先进帮忙解惑 另外像是SMD ( http://genome-www5.stanford.edu/index.shtml ) NCBI的GEO ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ) 也都有提供下载的方式 不知道这样有没有回答到你的问题? 有错也还请不吝指正 -- ◤◥ Origin: 中央生科˙生生不息 nculs.twbbs.org.tw ◣◢ Author: soom 从 ym74200.ym.edu.tw 发表