※ 引述《oplz (oplz)》之铭言： : 多谢你详尽的解释..让我对 systems biology 有更多的了解 : ※ 引述《kontracello (发扬无效精神)》之铭言： : Yeah..我想应该是我没有表达清楚. : 我所说的外领域的意思是 Biology 外的领域..包括物理 化学 数学 资讯点点点 : 我的疑问在 如果像日本那样选 mycoplasma 当材料.. 因为它只有三百八十多个基因 : 自然是有办法做到掌握全部基因对某些刺激的反应 : 但要讲到人..像 ISB 弄免疫 model .. 现在做的成功机会大吗? 这正是我的意思, 现在生物科学哪一项技术不是基於物理, 化学, 数学 ? 可能表面上不明显, 可是如果看过去生物学的发展, 其实这些基础科学帮了大忙. 或许是发展的太成熟之故, 变成 "理所当然", 隐藏在生物学的背後了. 现在看 systemsbiology, 只是把这个因素表面化了. 基因少当然是一个有利的因素, 以目前一般细菌而言也还没办法做到 全部蛋白质表现的 profile, 顶多 1/3 吧. 更何况是真核生物. ISB 现在做这个成功的机会大不大我不太清楚 (在那边他们也是跟你玩 "个人保密规定" 和反情报责任制度" XD) 不过他们知道他们要看的是某些特定分子的变化, 重点不是一网打尽 或许在某些限制条件下还算是可行的. : 我想讲的其实是 publication scale.. : 如果这种大规模的实验已超过了 publication 一篇 paper 的 scale.. : 要怎麽让人家愿意跳进来? : 像 genome project 到後来 total sequencing 完才发表两篇.. : 这样子的合作方式.. : 会有多少实验室的 PI 愿意跳进来变成一长串名单里的一个名字 : 这是我感到怀疑的地方 在 PubMed 用 Aebersold 当作者找 paper. 第一面大概都是 ISB 或是和 ISB 合作发的论文. 撇开 ISB 自己的 paper 不说, 和 ISB 合作的模式通常是 ISB 提攻技术服务 所以实验主导是在别的单位, 和 ISB 基本上没有关系. 因此 ISB的人是纯挂名, 但是 ISB 部门繁多, 一挂就是一整串是免不了的. 剩下的除了比较次要的合作单位之外, 就是主导实验室的人. 至於 PI 多不多, 其实是计画本身的问题, 和 systemsbiology 无多大关系. (因为 systemsbiology 部门的人永远就是那几只 ...) 当然, 如果不是 ISB 模式而是一大堆分散的实验室的话就另当别论了 不过据我所知有计画要发展 systemsbiology 的单位都会先搞一个 service centre 出来, 例如中研院的某些所, 中心等等. 这也是我们努力的目标. : 所以 SysBio 在 ISB 注重的是 : systematic screening/experiments 还是 systematic approach ? : 因为我以为.. ISB SysBio 想做的是没有特定目标的搜集资料.. : 希望能建构一完整的 biological system .. : 再用 computational biology 的方式来运算这个系统的运作 : 以及对各种刺激的反应情况.. : 这个最显着的优势就是可以可以用在 药厂 对新药的模拟 : 可以在最初就减去许多不必要的资源浪费 : 当然这种实验常需要用到其它领域较新的技术 像 single molecular tracking ... 这有点太理想化了, 事实上 ISB 几乎用到全部的传统生化/ 分生技术 因为 systematic screening 只是第一步, 你说的 systematic approach 比较贴切, 而 systemsbiology 就是涵盖这些的全部 ... : : 而专注於我要解决的题目, 这是一个很有利的条件. : : 在 ISB 每一个技术部门不只是操作, 还同时具有研发的能力 : : 这是不沦为纯操作服务的方法, 也是我们去学习主要的目标. : : 哎呀...我也不知道 systemsbiology 到底定义成怎样 : : 何必紧盯着字面上的解释不放 ? : : 请记住我们要解决的是生物学上的问题 : : 而并不限定要用什麽领域. 想想看, 做个 genomic sequencing 跨了多少领域 ? : : 所以不能被领域所限制, 任何方法都是可能的手段 : : 最後一并回答 systemsbiology 可不可能成功, 能不能达成预期目标. : : 目前的技术可以确保实验的成功是无庸置疑的 : : 但是实验设计的目标有没有达成要看实验的深度 : : 譬如说我今天先做 genomic sequencing, 再做 quantitative proteomics : : 建构 metabolomics 的基础, 这是一个所谓 systesmbiology 最初能给的东西 : : 接下来可能会发现更多有趣的地方, 是不是要纯化某些蛋白质? : : biophysics, bioinorganic chemistry 的问题也要解决 : : 是否可以回答演化层次的问题? 这都是一步一步来的 : : 关於我在 Institute for Systemsbiology 做了什麽 : : 简单的说是铜离子的浓度对於 M. capsulatus (Bath) 的影响. : : 此菌在不同 Cu 的外在环境会有很不一样的蛋白质 profile : : 对於甲烷氧化的机制也大不相同. 若您真有兴趣了解全部的细节 : : 可以在台大总图用关键字 "嗜甲烷菌" 找一本 2004 年的化学系硕士论文 : : 对应的 paper 已经发出, 但是因为图片的解析度被搞错 : : 所以现在线上的版本没有什麽参考价值 XD (反正图也看不清楚) : : 等弄好了再贴上连结 :) : Thanks again for your detailed reply ! -- 名称 规格 数量 价钱 备注 圆底烧瓶 14/20 5ml 1支 $55 二学分专用 圆底烧瓶 14/20 10ml 1支 $55 圆底烧瓶 14/20 25ml 1支 $65 圆底烧瓶 14/20 50ml 1支 $75 圆底烧瓶 14/20 100ml 1支 $80 --

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