※ 引述《littlesky (littlesky)》之铭言： : 而好在 目前的情况还较少发生 : 而科学家曾经直接将 substrate 直接加入晶体中 : 发现在蛋白质在结晶状态下 仍有作用 : 这代表其 function 不受影响 其结构也就有其意义存在 针对这一点 请问上述将substrate加到晶体之中 是所谓的co-crystalization吗? 以我所见过的 共结晶的时候 加入的是substrate的homolog 而非可以被protein来process的真正的subatrate 而加入substrate应该无法做出co-crystal 不知道是不是进几年有新的技术 可以克服这个困难 又或者上述共结晶可以形成 是特例? : : 2. MS strategy 里面, 可以知道 aa 的相对位置..但距离怎麽算? : : 又用不同 chemical ragent 处理 会不会改变构型? : 1. 目前有各式各样长度的 chemical reagent 如 10 A ~ 25 A 等等 : 如果你能够被 长度 10 A 结合到 代表你这两个胺基酸空间上相对位置在 10 A : 以下 关於这一点 有一个类似的问题想跟版友讨论一下 许多研究protein-protein interaction的实验 或是寻找receptor的实验 都会用cross-linker试图将会发生interaction的proteins以共价连结 这个实验法的概念和上述是类似的 但是有一个问题: 微观而言 溶液中的各种分子具有一定程度的碰撞机率 那麽如何排除原本距离在较远的两个protein(距离 > cross-linker的长度) 因为单纯的碰撞而被连在一起? 这样情形的发生 会让实验的结果出现artifact 但是这个实验方法 却是通行多年 再者 分子本身就有vibration的现象 难道没有可能因为vibration的关系而将原本距离超过cross-linker的两个 residue相连结? 我要强调上述的vibration的程度仍在容许结晶可以发生的限度以内 如此一来 以MS解结晶的可信度 会降低许多 : : 3. 有人说总有一天 protein structure 可以用电脑完全模拟出来 : : 也就是说 protein folding 确实有一套依循的原理存在 : : 只要找到这个公式 就可解决问题, 你的想法? : 不可能.. 生化课本都有讲到 : 不是所有的生物分子都在其最低的能量状态下 : 就以蛋白质而言 为何很多 E.coli expression 的 重组蛋白 : 会以inclusion body 的状态下存在 ? : 很多蛋白质分子在表现的时候 会需要其他蛋白质的帮助 如chaperon : 这些会改变其蛋白质在表现上的速率是以 热力学平衡得方式或是以动力学 : 平衡的方式 到达其生理结构 : 你如何去预测是否蛋白质表现时有其他蛋白质的参与? 影响其构型 : 再者 即便是如prion 这等小的 peptide 在其某个位置上加上一个糖分子 : 其构型就有极大的不同 : Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 12633 - 12638. : “ One O-linked sugar can affect the a-to-b structural transition of the : prion peptide. ” : 更何况有很多蛋白质都具有 post modification 存在 : 有些更会在蛋白质外围加上各式的醣 (甚至到数十个醣) : 你如何从电脑上预测他会加上几个醣 加醣的形式为何? : (我知道有预测蛋白质加醣位置的软体 所以我的问题更前进一步) : 如果这些无法解决 (这些也算是protein 之间的 interaction) : 要说直接从序列上准确预测 简直是痴人说梦 我觉得你说的没有错 但是要修改成"以目前对蛋白质的了解" 要预测是不可能的 以你所举的glycosylation为例 科学界尚未找出规则 当然无法预测 但是一旦所有和蛋白质folding相关的规则 能够有50%被科学界了解 那麽届时预测蛋白结构的结果 其可信度就能"令人接受" 在此强调任何科学的研究 其结果的好与坏对人们来说 都只是"有多可信"的问题 因为哲学告诉我们 reality只是一个概念 他存在 但是无法被描述 预测蛋白这件事情也是一样的 原po问的问题应该改成 "什麽时候预测蛋白的结构,其结果才足以被采信" 而您的回答 我认为就目前而言 是对的 但是等到我们知道的越多 答案也可能改变 当然科学不会知道 100%有多少 所以也不知道要到什麽时候 我们的所知才能超过50% 以上 --

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