※ 引述《zerpher (画圈圈..ψ︶︿︶)》之铭言： : ※ 引述《palan (燃烧吧!脂肪!)》之铭言： : : 我不知道我记的对不对... : : 好像是在抽DNA的过程中 : : 会使双股的DNA打开成为单股 : : 再令其重新配对 : : 但genomic DNA比较大 : : 所以重新配对回去不易 故沉淀.. : 其实这个观念很多老师也这样讲过 : 我以前也这样认为 : 直到被一个老师纠正後才知道不对 : 使用Alkaline Lysis 抽取 plasmid 的原理 : 是利用在一个小范围的pH(12.0-12.5) : 这时候linear DNA会denature : 但CCC (covalently closed circular) DNA : (就是plasmid)"不会denature" : 此时Chromosomal DNA is denatured : 当我们将溶液中和以後Chromosomal DNA renature : 并且和蛋白等巨分子纠结 然後可以被离心沉淀 : 这就是plasmid抽取的原理 : 附上一个网址 里面介绍的还蛮详细的 : http://www.sfu.ca/bisc/bisc-429/Monday_29_september.htm 我去察了一下书(gene cloning 4ed/T. A. Brown), 顺便看一下大学时写报告参考的BCT网页... 发现BCT网页上的有错哎...*汗* http://juang.bst.ntu.edu.tw/BCT/Chapters/Chap2-1.htm#2.1 这个实验是以 alkaline lysis 的方法进行，其原理是将细菌以 NaOH 及 SDS 分 解，并使蛋白质及 DNA 变性，继之以酸中和。在此情况下，小分子质体 DNA 在 中和後可恢复原态，但大部份的细菌染色体 DNA 则无法完全复原而与 SDS-K+ 所 形成之复合物一起沉淀下，可以离心去除之，上清液中所含的质体则可以酒精或 异丙醇将其沉淀下来。 错的是这一句"小分子质体 DNA 在中和後可恢复原态" 事实上是小分子质体 DNA以supercoiled form型式存在 所以在pH 12-12.5仍不denature 而non-supercoiled form的genome DNA则是在中合後因无法完全的回复 所以东牵西连成一个NETWORK..而生成复合物沉淀 所以重点是"supercoiled form 和non-supercoiled form"是否在pH12-12.5 denatured 还有coDNA ccDNA和 supercoiled应该是不一样的(Topoisomerase 相关) 当然很多时候它们也是混用的 http://www-biology.ucsd.edu/classes/bimm100.FA00/07.ProkChrom.html 1. Common Examples in double-stranded DNA (dsDNA): Linear: break in backbone of both strands, opposite each other or close If close, then have short region of single-stranded DNA (ssDNA) Open circular: break in one strand, other strand is closed circular ... ocDNA Closed circular: both strands are closed, no breaks also called Covalently Closed Circular DNA (cccDNA or ccDNA) Supercoiled DNA: ... [Brown, Fig 6.11] covalently closed circular DNA contains helical structure IN ADDITION to the Watson-Crick double helical structure ... 不过~anyway没差~反正在supercoiled 及ccDNA都不会在pH12-12.5 denatured -- 轻嗫寒冷的气息.将之寄托风中..怀着琥珀色的忧伤.好似就快因此被撕裂了... 今夜在这相会所承诺的约束..叹息.黑闇的彼方.. 教堂钟声响起的时刻.淡淡的回荡在光中.. 淡淡融融的月光.照映出的身影..衬着深红色的蔷薇.彷佛就这麽染上了颜色.. 今夜在这相会所承诺的约束..叹息.黑闇的彼方.. 教堂钟声响起的时刻.轻轻的摇曳在光中.. --

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