作者s122s91 (lo)
看板Bioindustry
标题Re: [问题] 电脑模拟蛋白质制药的需求?
时间Tue Nov 19 22:21:21 2013
如果你用现在上市的药,
用电脑模拟去算,分数一定不是最高的
如果把电脑设定成"上市药物"为最高分的参数,拿来跑,设计出来的药物,活性通常不高
我想这就是困境。
不知道到现在为止,有没有药物是真的由模拟出来的。
电脑模拟就是模拟,不一定准。
※ 引述《piimaila (肥仔)》之铭言：
: 想请问, 蛋白质制药预测的整体解决方案
: 例如:
: 利用电脑软体预估 以下课题
: 多醣体抑制癌症能力(中研院)
: 这种是否有实用性和市场?
: 或市面上已经有类似厂商?
: 当然, 这只是预测, 不可取代人体实验 动物实验等
: 但可以大量的减少实验范围.
: 弊人想投资类似公司, 但是由於才疏学浅
: 故来此询问各位先进和专家, 这类型的服务是否有前景呢?
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 114.35.116.226
1F：推 c00jsw00:同感 11/20 08:48
2F：推 puec2:同意。但是有些binding pocket看得到，却很难设计assay。 11/20 09:30
3F：→ puec2:这时候只能靠电脑模拟找出最佳的结构了。 11/20 09:30
4F：→ puec2:好多年前有一个德国的group号称找到一个新的binding pocket 11/20 09:31
5F：→ puec2:可以用来设计药物治疗flu，好像也没有听见後续成果出来 XD 11/20 09:31
6F：→ piimaila:事实上, 大部分用电脑模拟 仅限论文, 而事实上是可用 11/20 10:12
7F：→ piimaila:在低成本取代高通量筛选上, 电脑模拟目前会没成果 11/20 10:14
8F：→ piimaila:大多是制药门槛实在过高, 模拟者又大多是学生之流 11/20 10:14
9F：→ piimaila:自然不太会有啥成果 11/20 10:14
10F：→ piimaila:只是, 光以物理学来说, 电脑模拟是可行的, 目前只卡在 11/20 10:16
11F：→ piimaila:需要动物实验人体实验等, 做为初步筛选理当可行才是 11/20 10:16
12F：→ piimaila:如果结合医药生技, 理论上应可以做制药的前端不是? 11/20 10:18
13F：→ piimaila:就是让药物都已经理论确定, 药厂只要做动物和人体实验 11/20 10:18
14F：→ puec2:大药厂也有在做预测啊，但是你最後还是要跟HT筛到的药一起比 11/20 11:25
15F：→ puec2:因为後续实验的成本太高，时程太长，加上科技日新月异。 11/20 11:26
16F：→ puec2:HT的效率越来越高。电脑预测相对就没有优势了。 11/20 11:27
17F：→ puec2:在前端舍弃HT节省的成本，可能在後面细胞实验或者动物实验 11/20 11:28
18F：→ puec2:就要吐出来。HT筛到的药经过最佳化後通不过动物实验的也很多 11/20 11:29
19F：→ puec2:但是预测的方式可以给我们一些information 比如大概哪些 11/20 11:30
20F：→ puec2:core structure的compound比较有希望 当你在看HT筛出来的结 11/20 11:30
21F：→ puec2:果的时候，就会心里有底 11/20 11:30
22F：→ puec2:甚至一个compound在HT筛到，电脑又预测到，那就很有希望了 11/20 11:31
23F：推 echo:HT跟Modeling都只是药物设计的一小段....後面还有漫漫长路... 11/20 12:15
24F：推 echo:相对的後面有太多的ADMET-directed structure modification 11/20 12:20
25F：→ echo:由於跟enzyme binding无关，不论是HT或Modeling都看不出来~ 11/20 12:21
26F：推 puec2:所以我说如果piimaila您的公司可以把这个系统做得又快又好 11/20 12:56
27F：→ puec2:大厂不止会外包他们的计划 甚至会直接买断您的公司 11/20 12:56
28F：→ puec2:但前提是您的公司要有独门技术，不能只是买套装软体回来跑.. 11/20 12:57
29F：推 HOHO0220:Accelrys 11/20 13:02
30F：推 piimaila:了解了^^ 感谢各位先进的回答 11/20 14:34
31F：→ piimaila:对了 我想问一下, 为啥要重复做呢? 电脑预测事实上 11/20 15:30
32F：→ piimaila:是采用简单的物理原则而已, 换言之, 电脑预测不到 11/20 15:30
33F：→ piimaila:或者说预测试失败的药物, ht无论如何此药物也不可能 11/20 15:31
34F：→ piimaila:结合成功不是? 所以如果电脑预测够快, 应该在ht之前? 11/20 15:32
35F：→ piimaila:甚至可以说, 电脑预测成功ht就必定成功, 这样若电脑预测 11/20 15:33
36F：→ piimaila:速度比ht快, ht就可以不用做不是? 11/20 15:33
37F：→ piimaila:ht预测成功的范围, 有可能小於电脑预测的范围吗? 11/20 15:34
38F：推 puec2:这是很好的问题。问题有两个： 11/20 15:49
39F：→ puec2:1. 用来做model的蛋白质结构是否完全正确？ 11/20 15:49
40F：→ puec2:2. 你的资料库里面的compound是否足够多？ 11/20 15:50
41F：→ piimaila:恩, 换言之, 电脑预测要实用, 前提必须蛋白质完全正确 11/20 16:00
42F：→ piimaila:且配体要够多且正确, 我可以这样理解吗? 11/20 16:01
43F：→ piimaila:如果能达到以上两点, 事实上HT可以完全不做, 如果不能 11/20 16:01
44F：→ piimaila:ht还是无法省略的程序. 是否如此呢? 11/20 16:01
45F：推 puec2:理论上是这样。但是你还要考量compound-protein binding 11/20 16:44
46F：→ puec2:的环境，subcellular localization，其他protein的参与 11/20 16:44
47F：→ puec2:modeling省略的东西太多，HT则是直接找有活性的compound 11/20 16:45
48F：→ puec2:我是不认为最终有用modeling取代HT的一天。 11/20 16:45
49F：→ puec2:还有，你也必须要先知道那个pocket真的是重要的 XD 11/20 16:46