作者mcasp (stanley)
看板Bioindustry
标题Re: 请教 目前大家对bioinformatics的看法
时间Fri Jul 1 11:38:37 2005
※ 引述《coyot (coyot+e)》之铭言:
: 大学指考开始了 我举补习班当例子
: 如果一个补习班有2万5千名考生(25000个基因)
: 经过一堆模拟考後 补习班为了赚钱再推出精英班
: 说只要模拟考总平均在前50名的可再几万元 进精英班拼1个月 保证考取台清交
: 考试结果果然这50名都进台清交.. 补习班就大幅宣传"精英班之优点"
: 我只听过课 不像sherylcrow或其他2位对microarray有专业知识
: 但我想到的是以前硕士班训练之下给我的逻辑推理关系
: 精英班这50名 如何产生的? 参考之前几次模拟考成绩
如果您有看过这两篇
得到的结论是前50 100 名,不同的平台 (最常用那三个)
可能重复的是很少的
Nature 2004 oct 22
getting the noise of gene arrays
also in NAR 2003 p5676
: 所以你再给他们模拟考 甚至於大学指考 他们依旧是优秀
: (array上要检测那些基因 是依据已发表的众多papers之研究结果
: 你再用任何方法去研究 这些基因都还是会跟所指出的癌症疾病有关)
: 然而"要精英班才会考上台清交吗? 考上是精英班的贡献吗?"
: 上面2问题在逻辑推理上都是有问题的
: 考上台清交的也有一直表现平平 没能进精英班 但最後靠自己而获胜的
: 同样的 目前还没有被发现的基因作用 也许亦会影响某癌症或其他疾病
: 这些基因在目前是没有papers去证实他 但没有人敢拍胸脯说不存在
: 所以拿array的检测结果只能说 以目前科技检测下此受检者是否有某癌症
现在可能不是要诊断得癌与否,而要是去分出的癌的人,预後好坏,
以您举的例子,就是 同样考上台清交, 这些人,如何在去分出好坏。
(因为array detect mRNA大都是 来自tissue, 表示病理诊断大多没问题了,
不过,更复杂的说,有些诊断疑虑的case是有几种情况,比如SBRCT (small blue
round cell tumor), CUP (carcinoma of unknow primary)
同样的如果您的目的是要去screen cancer ,倒是可以朝serum proteomics
去考虑 (表示抽血就好,不用侵袭性的检查,举例,)。
我们自己用SELDI-TOF proteomics 在某些妇女的cancer
我们帐面上,写papaer 时可以做到看起来可以90-95%的准确率
甚至有人大玩machine learing 可以在一些cancer (prostate, colon)
都上到95 % --100%
: 但在未知知识下 无法100%说 受检者有没带有某尚未被发现或证实致癌基因
: 或某个尚未被发现或证实的致癌基因是否已经在表现
: 目前许多癌症生化检测 靠的是蛋白 在基因层次还只是学术研究离临床还有距离
: 所以目前有蛋白质晶片的热门兴起
: 以上我是站在若某一天我成了受检者 我所疑虑的
: 我目前宁可用传统生化检测还比较可靠
建议您看看现行的tumor marker 好不好用,再考虑这句话
: array data 说有癌症 只是乌龙算是还好 顶多受惊了
: 但若说没癌症 但其实是有 而没检测出来 那将会是一条生命的误诊
之前强调过
不是要诊断得癌与否,而要是去分出得癌的人,预後好坏,
况且,诊断不是这样三言两语就决定了, 一般都是住院至少 两、三天
到 一个礼拜,
: 在统计归纳上 也许将来array能分析到80%的可信度
: 但也表示有20%的误诊 这对关系到生命的检测而言是需要去改善的
: 而20%误诊中 却可能包含了 一些未知的基因机制(未选入精英班的学生)
: 这部份是最大盲点 且无法由目前的microarray领域去改善它
: 只能消极等待学界对癌症的更深入了解
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 220.137.81.122
1F:推 coyot:现行的tumor marker必须外加其他诊断如X光 超音波. 61.228.137.216 07/01
2F:→ coyot:切片...等 才能明确得知肿瘤情况 不过毕竟晶片是新 61.228.137.216 07/01
3F:→ coyot:的检验方式 当然是要受到严格验证 如果真能像您说 61.228.137.216 07/01
4F:→ coyot:到达90~95% 加上其他补助检验 是不错 但不知临床上 61.228.137.216 07/01
5F:→ coyot:是否真能那麽高 毕竟纯学术到临床诊断还有距离要走 61.228.137.216 07/01