※ 引述《wscrush (请详细填写个人资料)》之铭言： : 想请问各位板友们有接触过生物晶片资料吗? 我第一次接到这样的题目 : 因为没有足够的背景知识，加上市面上也找不到"第一次分析生物晶片就上手" : "企鹅也会的生物晶片分析"这类的参考书，让我深感苦手~"~a，还请各位解惑 : Q1:我发现很多资料格式中都有Gene Description、Gene Accession Number这两栏 : 请问这两栏的意义为何?字面上看来我能理解意思是基因的描述与编号，但又看 : 回资料本身(如下所示)，实在难体会其中奥义@.@，加上缩写繁多，不知有类似 : 缩写的查询方式吗? : ---------------------------------------------------------------------- : Gene Description Gene Accession Number : AFFX-BioB-5_at (endogenous control) AFFX-BioB-5_at : AFFX-BioB-M_at (endogenous control) AFFX-BioB-M_at : AFFX-BioB-3_at (endogenous control) AFFX-BioB-3_at : AFFX-BioC-5_at (endogenous control) AFFX-BioC-5_at : ----------------------------------------------------------------------- 去 http://www.biomart.org 1. 点MARTVIEW 2. Database选Ensembl XX genes (xx=latest version) 3. Datasets看你是什麽物种 我是用Homo sapiens genes (NCBI36) 4. 左手边点Filters -> 右边把Gene点开 -> 勾 Limit to genes ... 再来选你的chip -> 再来点Only 5. 再来左边 Attributes -> Features -> 选你想要知道的 6. 点上方的 Results （可以下载成自己想要的格式） 这样就完成自订化的annotation了 : Q2:生物晶片的paper会提到，其正规化方式是用log transfrome或是将mean值调整到0 : 等等...，我想请问网站上所载到的raw data，是已正规化後的吗，亦或是我们要 : 自己处理? 看你是拿到什麽data 以affy的系统来说 如果你老板是纯生物背景的 就很有可能是给你用MAS5.0处理好的...（一舨就是拿到excel档 MAS5.0比较没那麽好说 不过他的好处在於会给Present及Absent的Detection Call 可以做probes的QC 一般我在分析都是拿CEL档 -> 用R ->以MAS5.0产生DetectionCall -> RMA 做pre chip的normaliztion 之後用BRB array tools 及 MeV4分析 : Q3:如果我想找某个疾病的marker genes或显着gene，我该到哪里找寻?关键字如何下 : 比较好?同样的基因是否有不同的名称、缩写? 请爱用 http://www.genecards.org GeneCards 记录了现在Gene正式的Gene symbol及过去的Alias 还不止这样欧！～ 还有SwissProt, IPI, KEGG pathway, Microarray probe sets等资料 绝对够你用 : 一下子打扰这麽多问题实在很不好意思~也感谢各位版友耐心看完与解答 <(_ _)> 有问题可以再一起讨论 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【 http://www.wretch.cc/blog/hajimela 】|> --

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