作者soom ()
看板BioMedInfo
标题Re: [讨论] 小程式
时间Thu Jun 19 19:45:19 2008
※ 引述《HIbaby (燃烧吧! 嗨~北鼻!)》之铭言:
: 最近手边多了很多大量microarry data. 不外乎就是很多基因的ID码
: 或是一些基因的缩写.
: 不知道有没有一些小软体, 可以把excel上面这些ID直接连结到资料库
: 或是转换成全名?
: 如果有这样的东西, 那就非常方便了
同是生物背景的 想很害羞得自己推一下我们家的产品 因为我也懒得写程式XD
Arrayfusion(
http://microarray.ym.edu.tw/tools/arrayfusion/ )
这是用JSP写成的web application
目前的功能包括将affy的probeset改写成EGR/GFF的格式
或是把Gene Symbols转换成Affy U133 plus2的probesets
或是将Gene Symbols mapping到genome位置上
所以如果Hibaby老大的资料是用Gene Symbol/ Ensembl ID/ GenBank RefSeq
为主 不妨可以试用看看
使用方法很简单
先选择平台
(agilent跟affy的expression/Exon/Tilling/SNP array皆可,若是要用上列的ID
则要选public domain ID)
然後选择ID的种类
(array: U133 plus2, U95 etc; GeneID: gene symbol,genbank,Refseq, etc)
指定所要的output种类
(纯文字 and/or EGR and/or GFF)
最後上传档案或是直接贴上文字
(将每一个ID存成一行)
然後按下submit就好罗
不需要担心资料外泄 因为使用者上传的资料都是存在session之中
我们自己的database只负责用作mapping
大致上是这样,想看paper的话可以参考
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16935928
如果有前辈後进愿意抽空一试的话,也欢迎给予批评指教罗 谢谢
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.155
1F:推 hajimels:推一个 另外可以用biomart (请自行google罗) 06/19 20:17
2F:推 HIbaby:感谢 06/20 08:57