演化關係 壺菌門(Chytridiomycota) 真菌界__／ 接合菌門(Zygomycota) ＼／ 子囊菌門(Asomycota) ＼／ ＼擔子菌門(Basidiomycota) 壺菌門(Chytridiomycota) 多為水生，個體小，腐生or寄生。生活史中產生具有單鞭毛的游動孢子(zoospores) 　鞭毛長在個體後且光滑 接合菌門(Zygomycota) 有性生殖由兩個配子囊(gametangia)融合成接合孢子囊(zygosporangium) 　產生接合孢子(asospores) ex黑霉　內生菌根菌 子囊菌門(Asomycota) 　有性生殖的孢子長在子囊(ascus)內，稱做子囊孢子(ascospores) ex酵母菌 蟲草菌　羊肚菌 擔子菌門(Basidiomycota) 　有性生殖的孢子長在擔子(basidium)外，稱做擔孢子(basidiospores) ex木耳香菇靈芝 以前被認為是真菌界的 　黏菌(slime mould):－>黏菌界 　　吞噬性營養行為(phagotrophy)。 　管狀而非平板狀的粒線體脊(mitochondrial cristae) 　纖毛菌類(ciliated fungi):生活史中會產生游動孢子，但現在被認為是異源性 　　絲壺菌類(Hypochytridiomycetes)游動孢子前端有一條包被著鞭毛絲(mastigonemes) 的羽狀鞭毛 卵菌(Oomycetes)游動孢子前端有兩鞭毛，一是平滑的鞭狀毛，另一是羽狀毛 　　兩者因具鞭毛絲的特徵，而被納入雜色藻界(Chromista) 高等真菌是指真菌中普遍具有膈膜(septum)者，即子囊菌及擔子菌。 --

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