1997年，參戰WCW時與nWo JAPAN（New World Order）產生共鳴便以Great Muta身份加入 。之後Muta在比賽中變回武藤（比賽時退場數分鐘將臉上的彩繪除掉再回到擂臺上），以 本尊身份加入nWo。（1997年當時武藤穿的是繪有彩繪、英文字母圖案的黑色緊身長褲） 此時武藤已邁入職業摔角手的成熟期，"Nature Born Master"（天賦異稟的天才）稱號也 廣為流傳。身為nWo總帥的蝶野正洋因傷長期脫離戰線，武藤便成為軍團的舵手，進入了 武藤自稱為"I am Boss"的時代。蝶野過了一段時間復原後和武藤產生糾紛便離開nWo組成 TEAM2000。最後武藤敗在蝶野手下，nWo遭到消滅（事實上是和握有nWo專利權的WCW契約 到期的緣故）。 武藤再度以Great Muta的身份到WCW參戰。才剛到機場便被大批媒體包圍，受歡迎程度似 乎一點都沒下降。儘管WCW以「摔角史上最殘暴的反派回來了」的美譽歡迎武藤；但因經 營上的問題WCW無法給予武藤出場比賽的機會，武藤回日本後WCW隨即消失。2000年12月31 日在大阪巨蛋舉辦的豬木祭中回到國內擂臺。武藤和高田延彥組成只限一晚的搭檔對抗敦 福萊、肯夏姆洛克，這天起（也就是本世紀開始）確立了武藤的光頭新造型。（詳情後記 ）（高田在這場比賽中以岩石落下技在夏姆洛克身上奪下勝利）。武藤於2001年回歸新日 本，組成跨越團體高牆的超黨派團體「BATT」，帶回新必殺技閃光魔術以史上第一位六冠 王（三冠重量級冠軍、IWGP雙打冠軍、世界雙打冠軍）等戰績在摔角界活躍著，同年也獲 選為職業摔角大獎MVP。反抗走向格鬥技路線的新日本，最後在2001年1月31日離開主戰場 新日本職業摔角聯盟，2月26日正式加入全日本職業摔角聯盟，同年10月擔任該聯盟董事 長。除了該團體原來的賽程外有時還加入了名為「W-1（Wrestle One）」等賽程。留下了 「我要把全日本職業摔角聯盟吃乾抹淨」的名言。 2003年9月20日從馬場元子董事長手中接下全日本，成為董事長。留下巨人馬場的形式， 以武藤的新體制打造新的全日本。其後創立個人事務所，創出武藤個人商標「LEGLOCK」 （之後從武藤手中獨立出來）。 過去和武藤一同被評價為天才的三澤光晴從武藤在新日本時期以來就沒機會較勁，三澤創 立NOAH職業摔角聯盟再加上武藤跳槽全日本或許這輩子兩人沒機會碰面了。馬場元子退出 全日本後兩人便沒有阻礙，2004年7月10日NOAH在東京巨蛋舉辦的大會中首度遭遇（三澤 ‧小川良成組VS武藤‧太陽蓋亞組）。10月31日三澤參加全日本兩國大會和武藤組隊（武 藤‧三澤組VS馳浩‧佐佐木健介組）。武藤稱三澤為「戀人」，武藤於首度對戰敗北時對 三澤送出「你想不想看看夢想的後續？」的訊息。因此促成了10月31日的比賽。此外在尚 未上場對戰前兩人於2001年拍攝Playstation2「全明星職業摔角2」的廣告時就已經接觸 過了。也在「擂臺之魂」（朝日電視台）節目中實現對談。 由於海外的輝煌戰績，武藤在外籍摔角手中也擁有許多支持者。因為這些選手們也很尊敬 地稱呼武藤為「Master」，近年也將「Prowrestling Master」列為常用的暱稱。 平時雖以「武藤敬司」的身份活動著，偶而也會以「愚零鬥武多＝Great Muta」、「黑師 無雙」的身份活動。2003年4月29日在「BAPE STA!!PROWRESTLING ZEPP TOUR」的ZEPP FUKUOKA大會中變身為蒙面摔角手THE APEMAN PLATINUM。 --

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