作者andrew43 (討厭有好心推文後刪文者)
看板R_Language
標題Re: [問題] while loop 不知道怎麼寫
時間Tue Apr 4 17:55:40 2017
大致上這樣做。
## site 座標
location <-
data.frame(
site.name = c("site1", "site2", "site3"),
x = c(3,1,16),
row.names = 1
)
## site 距離矩陣
dist.mat <-
dist(as.matrix(location)) %>%
as.matrix
dist.mat
## 各site物種出現豐度
spp.dt <-
data.frame(
spp = c("A", "B"),
site1 = c(5,4),
site2 = c(0,7),
site3 = c(20,2)
)
library(magrittr)
spp.dt[, c("site1", "site2", "site3")] %>%
as.matrix %>%
apply(., 1, function(y) {
y[y != 0] %>%
names(.) %>%
combn(., 2) %>%
apply(., 2, function(pair) {
dist.mat[pair[1], pair[2]]
}) %>%
max(.)
})
※ 引述《lilian0330 (俐俐)》之銘言：
: 大家好，剛開始統計軟體入門，寫過Matlab跟R
: 但最近在處理資料常常不知道怎麼解決error...
: [問題]
: 要做物種出現的「最大距離」，例如有三個地點，在三個點之間有三個不相等的距離。
: 而物種A出現在site1跟site3，所以距離就是distance(1-3)
: 物種B出現在site1,2,3，但因為2跟3比較遠，最大距離是distance(2-3)
: 我目前已經做出來兩兩site之間的distance matrix
: 但是我不知道用while迴圈怎麼讓R自動判斷這個物種的「最大距離」
: 資料形式
: Species｜ site1 ｜ site2 ｜ site3 ｜ max_distance
: -------------------------------------------------------
: A ｜ 5 ｜ 0 ｜ 20 ｜ distance(1-3)
: B ｜ 4 ｜ 7 ｜ 2 ｜ distance(2-3)
: 我目前想到的邏輯是
: table[1,2]-table[1,3]!=table[1,2]｜table[1,3]
: 依序做成這個物種的「所有距離」，最後再用max()選擇「最大距離」
: 想問問大家如果寫成while loop怎麼寫比較好呢?
: [環境敘述]:
: R version 3.3.2 (2016-10-31)
: Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
: Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
: locale:
: [1] LC_COLLATE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 LC_CTYPE=Chinese
: (Traditional)_Taiwan.950
: [3] LC_MONETARY=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 LC_NUMERIC=C
: [5] LC_TIME=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
: attached base packages:
: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
: other attached packages:
: [1] sp_1.2-4 phyloseq_1.19.1 BiocInstaller_1.24.0
: readxl_0.1.1 ggplot2_2.2.1
: [6] vegan3d_1.0-1 vegan_2.4-2 lattice_0.20-34
: permute_0.9-4
: loaded via a namespace (and not attached):
: Error in x[["Version"]] : subscript out of bounds
: In addition: Warning messages:
: 1: In FUN(X[[i]], ...) :
: DESCRIPTION file of package 'Rcpp' is missing or broken
: 2: In FUN(X[[i]], ...) :
: DESCRIPTION file of package 'jsonlite' is missing or broken
--
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※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/R_Language/M.1491299743.A.AAF.html
1F：→ lilian0330: 感謝！我研究一下！ 04/04 21:16
2F：推 lilian0330: 我跑完了可以執行，但換成原始資料後遇到一個問題 04/04 21:46
3F：→ lilian0330: geodist[pair[1], pair[2]] : no 'dimnames' attribut 04/04 21:46
4F：→ lilian0330: for array 04/04 21:46
5F：→ andrew43: 你比較我的資料matrix和你的看是不是少了欄名或列名 04/04 22:00
6F：→ andrew43: 真的解不開就直接提供你的部份資料。 04/04 22:01
7F：→ andrew43: 若你可以看懂code，相信這只是個小問題，修一下即可。 04/04 22:03
8F：推 lilian0330: 我找到了，距離矩陣沒有原本的樣本名字 04/04 22:06
9F：→ lilian0330: 但是因為我要用經緯度算，所以使用gdistance package 04/04 22:07
10F：→ lilian0330: 中的spDists()，只有在輸出成csv的時候是有site的 04/04 22:08
11F：→ andrew43: 那好辦，就多幫它補上即可。 04/04 22:21
12F：推 lilian0330: 謝謝你！我補上了 04/04 22:24
13F：→ lilian0330: 現在新的 Error in combn(., 2) : n < m 04/04 22:24
14F：推 lilian0330: m是2，n是什麼呀? 04/04 22:26
15F：→ andrew43: 你檢查是不是有某個site只有一個物種。應該是這個原因 04/04 22:28
16F：→ andrew43: 有的話，這段code要修以跳脫這種例外。 04/04 22:29
17F：→ andrew43: 說反了，是不是某個物種只出現在一個site。 04/04 22:30
18F：推 lilian0330: 喔喔有的，大概有70%以上~ 04/04 22:32
19F：推 lilian0330: 這種狀況distance定義=0 04/04 22:34
20F：→ andrew43: 把那些物種列都挑掉，或是改寫成if else 04/04 22:34
21F：→ andrew43: 下次把這種明顯的例外一起說明，別人才能一併處理。 04/04 22:35
22F：推 lilian0330: 好的> <抱歉提問的時候沒有想到這是特例...謝謝！ 04/04 22:37
23F：推 lilian0330: if x = sum(x) else接原本的code?但我不確定x要改哪裡 04/04 23:01
24F：→ andrew43: 我再回一個 04/04 23:09
location <-
data.frame(
site.name = c("site1", "site2", "site3"),
x = c(3, 1, 16),
row.names = 1
)
dist.mat <-
dist(as.matrix(location)) %>%
as.matrix
dist.mat
spp.dt <-
data.frame(
spp = c("A", "B", "C"),
site1 = c(5, 4, 0),
site2 = c(0, 7, 0),
site3 = c(20, 2, 1)
)
library(magrittr)
spp.dt[, c("site1", "site2", "site3")] %>%
as.matrix %>%
apply(., 1, function(y) {
if (sum(y >= 2)) { # 處理某 spp 只在 1 個以下 site 出現
y[y != 0] %>%
names(.) %>%
combn(., 2) %>%
apply(., 2, function(pair) {
dist.mat[pair[1], pair[2]]
}) %>%
max(.)
} else {
0
}
})
※ 編輯: andrew43 (125.230.106.85), 04/04/2017 23:10:56
※ 編輯: andrew43 (125.230.106.85), 04/04/2017 23:17:33
25F：推 lilian0330: 阿阿不行，出現 Error in dist.mat[pair[1], pair[2]] 04/05 01:17
26F：→ lilian0330: : subscript out of bounds 04/05 01:17
27F：推 lilian0330: 想詢問這邊pair的功能是什麼呢? 04/05 01:19
28F：→ andrew43: 你大概不懂apply怎麼用。把你一小部分資料貼出來吧。 04/05 01:22
29F：→ andrew43: 再看到底是你卡在哪裡。 04/05 01:23
30F：→ andrew43: 你把 dist.mat[pair[1], pair[2]] 改成 print(pair) 就 04/05 01:24
31F：→ andrew43: 可以看到pair實際上是什麼。 04/05 01:24
32F：推 lilian0330: 我看到pair了，但是三筆data有五個結果(site)，不太懂 04/05 01:32
33F：→ andrew43: 那就是combn的結果，即所有site的兩兩組合。 04/05 01:32