作者BENNY49 (班尼49)
看板R_Language
標題[問題] heatmap固定顏色區間
時間Thu Mar 24 02:55:12 2016
[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)
[軟體熟悉度]:
請把以下不需要的部份刪除
入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)
[問題敘述]:
我有兩個矩陣想做heapmap,是用pheatmap來做,想把其中的預設顏色區間複製
給另一個矩陣使用,也就是希望兩個矩陣值-0.3到0.3有一樣的顏色,不因極值不同
而顏色跑掉,目前兩個圖用相同顏色區間我能做了,想問的是pheatmap的預設
顏色區間寫法
想要的顏色：http://imgur.com/XTCOFtd
自己做的不滿意：http://imgur.com/vA4vA0A
感謝版友先進不吝賜教 謝謝！
[程式範例]:
以下是自己的寫法 求改進
library(pheatmap)
bk <- c(seq(-0.4, -0.005, length=99), 0, seq(0.005, 0.4, length=100))
col1 <- colorRampPalette(c("blue", 'white'))(99)
col2 <- "white"
col3 <- colorRampPalette(c("white", "red"))(101)
colors <- c(col1, col2, col3)
pheatmap(matrix(sample(seq(-0.4,0.4,0.01),1e2,replace = T),nrow=10,ncol=10),
color=colors,
breaks=bk,
scale="none",
cluster_rows=F,
cluster_cols=F)
[關鍵字]:
heatmap, color interval
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 182.235.107.180
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/R_Language/M.1458759316.A.5BC.html
※ 編輯: BENNY49 (182.235.107.180), 03/24/2016 02:55:47
1F：→ cywhale: 就多塞一些color code 不要直接寫 white, blue in color1 03/24 09:43
2F：→ cywhale: 比如col1 <- colorRampPalette(c("#E6550D","#FEED30", 03/24 09:43
3F：→ cywhale: ,'#FFFFE0'),alpha=0.8)(99) .. color3 blue 也改掉 03/24 09:45
4F：→ cywhale: 如 (c("white", "#4292C6"),alpha=0.8).. 看起來像一些 03/24 09:46
5F：→ BENNY49: 感謝 好很多了^^ 03/24 15:59