作者memphis (讓你喜歡這世界~)
看板R_Language
標題Re: [問題] merge 3 tables with summing common var
時間Tue Oct 13 15:40:37 2015
速度看起來還好? 還是我搞錯cywhale想要做的是什麼?
library(data.table)
library(dplyr)
# testing data, assuming merge by key = "SP"
set.seed(NULL)
x <- matrix(sample(1e6), 1e5) %>% data.table() %>%
setnames(1:10,sample(LETTERS,10)) %>% .[,SP:=seq_len(nrow(.))]
y <- matrix(sample(1e5), 1e4) %>% data.table() %>%
setnames(1:10,sample(LETTERS,10)) %>% .[,SP:=seq_len(nrow(.))]
z <- matrix(sample(4e5), 2e4) %>% data.table() %>%
setnames(1:20,sample(LETTERS,20)) %>% .[,SP:=seq_len(nrow(.))]
###### mycode
t = proc.time()
xyz <- x %>% full_join(y, by='SP') %>% full_join(z, by='SP') %>%
as.data.table()
mut_list <- unique(substr(names(xyz)[grep('.', names(xyz), fix=T)],1,1))
for(i in 1:length(mut_list)){
mycols <- grep(mut_list[i], names(xyz), fix=T)
xyz[,mySum := rowSums(.SD), .SDcols=mycols]
xyz[,(mycols):= NULL]
names(xyz)[names(xyz)=="mySum"] <- mut_list[i]
cat(paste0(mut_list[i]),"\n")
}
proc.time() - t
※ 引述《cywhale (cywhale)》之銘言：
: [問題類型]:
:
: 效能諮詢(我想讓R 跑更快)
:
: 好像在哪曾看過較簡易的寫法或function，但一時想不起，也沒找到，寫了比較複雜的
: code，想請問是否有更快或更簡易的方式做到
: [軟體熟悉度]:
: 請把以下不需要的部份刪除
: 入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)
: [問題敘述]:
: 請簡略描述你所要做的事情，或是這個程式的目的
: Merge some data tables by the same key, 但若有相同的variables則合併時要相加，
: 不管NA，data tables彼此間的行、列數均不同
: [程式範例]:
:
:
: library(data.table)
: library(dplyr)
: # testing data, assuming merge by key = "SP"
: set.seed(NULL)
: x <- matrix(sample(1e6), 1e5) %>% data.table() %>%
: setnames(1:10,sample(LETTERS,10)) %>% .[,SP:=seq_len(nrow(.))]
: y <- matrix(sample(1e5), 1e4) %>% data.table() %>%
: setnames(1:10,sample(LETTERS,10)) %>% .[,SP:=seq_len(nrow(.))]
: z <- matrix(sample(4e5), 2e4) %>% data.table() %>%
: setnames(1:20,sample(LETTERS,20)) %>% .[,SP:=seq_len(nrow(.))]
: # function.. try to write Rcpp function..
: require(Rcpp)
: cppFunction('NumericVector addv(NumericVector x, NumericVector y) {
: NumericVector out(x.size());
: NumericVector::iterator x_it,y_it,out_it;
: for (x_it = x.begin(), y_it=y.begin(), out_it = out.begin();
: x_it != x.end(); ++x_it, ++y_it, ++out_it) {
: if (ISNA(*x_it)) {
: *out_it = *y_it;
: } else if (ISNA(*y_it)) {
: *out_it = *x_it;
: } else {
: *out_it = *x_it + *y_it;
: }
: }
: return out;}')
: ### merge two data.table with different columns/rows,
: ### and summing identical column names
: outer_join2 <- function (df1,df2,byNames) {
: tt=intersect(colnames(df1)[-match(byNames,colnames(df1))],
: colnames(df2)[-match(byNames,colnames(df2))])
: df <- merge(df2,df1[,-tt,with=F],by=byNames,all=T)
: dt <- merge(df2[,-tt,with=F],df1[,c(byNames,tt),with=F],by=byNames,all=T) %>%
: .[,tt,with=F]
: for (j in colnames(dt)) {set(df,j=j,value=addv(df[[j]],dt[[j]]))}
: return (df)
: }
: # get results, 參考c大 #1LaHm_aH (R_Language)
: system.time(Reduce(function(x, y) outer_join2(x, y, byNames="SP"), list(x,y,z)))
: 用了較多行code來完成這件事，速度上似乎還可以，但不確定是否有更好的寫法？謝謝！
: [關鍵字]:
:
: 選擇性，也許未來有用
:
--
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1F：→ celestialgod: m大的SP會被抓進去總和喔XDD 10/13 16:37
2F：→ celestialgod: 不過m大的方法也滿快的 10/13 16:37
3F：→ celestialgod: 回圈內的名字要排除掉SP就好 10/13 16:37
4F：→ memphis: 可是我的迴圈裡沒有SP阿? join的by 不是一直都只有一個? 10/13 16:45
5F：→ memphis: 如果沒有做錯的話, 剩下的問題應該是警告訊息, 跟na.rm 10/13 16:45
6F：→ celestialgod: 你出來的結果沒有SP這個column 10/13 16:50
7F：→ celestialgod: 你可以print你總和的column看看 10/13 16:50
8F：推 celestialgod: 這個是隨機產生colomn，所以你可能生成出沒有S的x, 10/13 17:29
9F：推 celestialgod: y, z 10/13 17:29
10F：→ celestialgod: 你才會看到SP被總和掉 10/13 17:30
11F：→ memphis: (羞) 那關於重複名稱的選取, 不要做得太偷懶有bug就好了 10/13 17:39
12F：→ celestialgod: grep(paste0(mut_list[i], "\\..+"), names(xyz)) 10/13 17:43
13F：→ celestialgod: 改這樣應該就沒問題了 10/13 17:43
14F：→ celestialgod: 認真試了一下 NA + NA = 0的問題還是存在QQ 10/13 17:51
15F：→ celestialgod: 有時候 NA + 值 會變回NA (把rowSums加上na.rm=T後 10/13 17:51
16F：→ celestialgod: 感覺這個code很有趣，但是要改到可以用還有一段路 10/13 17:52
17F：→ celestialgod: (眼神死 10/13 17:52
18F：推 cywhale: 多謝m大提供簡易快速的解法，說也好笑，我當初找dplyr中 10/13 19:13
19F：→ cywhale: outer_join一直找不到，原來是full_join.. >< 10/13 19:14
20F：→ cywhale: NA+NA這問題，的確，後來自己就在rcpp中的小程式解決... 10/13 19:15
21F：→ celestialgod: 可是cy大 full_join的data.table method也是用merge 10/13 19:16
22F：→ celestialgod: .data.table 10/13 19:16
23F：→ cywhale: 也是，但我沒想到用grep+rowSum去處理重複變數.x,.y... 10/13 19:40
24F：→ cywhale: 後來才會衍生出自己版本那樣的寫法... 10/13 19:41
25F：推 celestialgod: 我有想過抓. x,. y來做可是要寫迴圈就不爽寫了，哈 10/13 19:42
26F：推 celestialgod: 哈哈哈 10/13 19:42