作者celestialgod (天)
看板R_Language
標題Re: [問題] .txt的資料匯入及行列轉換
時間Wed Sep 2 17:50:06 2015
※ 引述《milkdad (milkdad)》之銘言：
: [問題敘述]:
: 想匯入一個約100mb的.txt檔
: 此檔案的“列”只有12筆 但“行”有約92萬筆
: 因此想要做行列轉換 以利後續分析
: 但天真如我卻發現連匯入資料都成問題
:
: [程式範例]:
:
: 我是想直接用read.table的方式匯入 再用 t()來轉置 如下
: datfile=paste(路徑, '檔案.txt', sep='')
: data=read.table(datfile, header=TRUE,sep='\t')
: 但到了這一步 R就一直轉了兩個小時 因此還沒試到行列轉換
: 才想上來詢問 麻煩各位大大幫忙
你要做轉置，假設你全部都是數值
我生成資料，試試看各種讀取器的效能...
先說結論，因為讀進來的型態是data.frame
所以R必須要確定每行每列個數相等
而且同一行要一樣型態
我覺得在這上面會花上一些時間
但是測試起來其實沒差很多
反而是讀入字串再轉換成相對的型態花了很長時間
因此，如果是這種案例，我建議用暴力法去做，快而簡單
因為暴力法做的話，checking部分就都沒有跑
你只需要確定自己input的檔案是regular就好
程式如下： (關於fread, magrittr請參考我的文章：資料整理套件介紹)
library(data.table)
library(readr)
library(stringr)
library(magrittr)
set.seed(200)
datOriginal = round(matrix(rnorm(5e5*12), 12), 4)
inputStr = str_c(apply(datOriginal, 1, str_c, collapse = ','),
collapse = '\n')
datOriginal = t(datOriginal)
## the fastest way
st = proc.time()
tmp = readLines(textConnection(inputStr))
dat = do.call(cbind, strsplit(tmp, ',')) %>% {matrix(as.numeric(.), nrow(.))}
proc.time() - st
# user system elapsed
# 18.11 0.09 18.36
all.equal(dat, datOriginal) # TRUE
st = proc.time()
dat = t(as.matrix(fread(inputStr)))
proc.time() - st
# user system elapsed
# 40.92 0.10 41.41
all.equal(dat, datOriginal, check.attributes = FALSE) # TRUE
st = proc.time()
dat = read_csv(inputStr)
proc.time() - st
# 半小時跑不出來
all.equal(t(as.matrix(dat)), datOriginal)
st = proc.time()
dat = read.csv(inputStr)
proc.time() - st
# 半小時跑不出來
all.equal(t(as.matrix(dat)), datOriginal)
st = proc.time()
numCols = readLines(textConnection(inputStr), n = 1) %>%
{nchar(.) - nchar(gsub(',', '', .)) + 1}
dat = fread(inputStr, colClasses = rep('character', numCols)) %>%
{matrix(as.numeric(as.matrix(.)), ncol(.), byrow = TRUE)}
proc.time() - st
# user system elapsed
# 39.30 0.08 39.67
all.equal(dat, datOriginal) # TRUE
st = proc.time()
numCols = readLines(textConnection(inputStr), n = 1) %>%
{nchar(.) - nchar(gsub(',', '', .)) + 1}
dat = read_csv(inputStr, col_types =
replicate(numCols,col_character(),simplify=FALSE)) %>%
{matrix(as.numeric(as.matrix(.)), ncol(.), byrow = TRUE)}
proc.time() - st
# 一樣半小時沒出來...
all.equal(dat, datOriginal)
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※ 編輯: celestialgod (1.160.170.238), 09/02/2015 17:51:38
1F：推 milkdad: 感謝版主熱心嘗試 嗚嗚 已解決 大感謝 09/02 21:07