作者memphis (讓你喜歡這世界~)
看板R_Language
標題iteration growing parallel
時間Mon Mar 30 20:45:00 2015
手上有條蛋白質序列, 每個點都會突變, 遇到K, 切下來, 列出所有可能, 舉例如下
A B1 C1 K E F1
B2 C2 D F2
#### result ####
A B1 C1 K
A B2 C1 K
A B1 C2 K
A B2 C2 K
A B1 C1 D F1
A B2 C1 D F1
A B1 C2 D F1
A B2 C2 D F1
.... F2
....
#### 問題來了 ####
如果一直遇不到 K, 突變點一多(爬到連續20點, 2000萬種組合, 寫出檔案大小達到2.xG)
一個CPU算到沒完
想把他平行化, 我已把function改成可以 一點叫一次
EX
call: function(start=1, tmp_prefix="")
out : A
call: function(start=2, tmp_prefix="A")
out : AB1 AB2
call: function(start=3, tmp_prefix=c("AB1", "AB2"))
out : AB1C1 AB2C1 AB1C2 AB2C2
由以上可見, 如果n點後來個1000萬的out, 就要卡住了
所以我想100萬就拆開, 讓不同的CPU去算
1.請問大家知不知道一些比較方便的package 可以讓我開cpu, 指定哪個cpu算那些input
2.parallel 那種 cl=socket(n), apply 好像不能讓我指定, 應該是行不通
3.RMPI又太兇狠了...太久沒有寫...連環境都還沒有設定好
4.抱歉沒有sample code 可以跑, 所以大家如果有什麼概念用sudo code 我就很感激了
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.73.140
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/R_Language/M.1427719503.A.944.html
1F：→ celestialgod: 建議你用Rcpp加速吧，平行效果有限 03/30 20:57
2F：→ celestialgod: 這個組合不是可以直接用expand.grid做嗎？ 03/30 21:14
3F：→ celestialgod: 你把有K以後的做截斷不行嗎？ 03/30 21:14
4F：→ memphis: as.vector(outer(c("B1","B2"),c("C1","C2"),paste0)) 03/30 21:25
5F：→ memphis: 各種組合出來後, 有K結尾的輸出, 沒有的繼續下一輪 03/30 21:27
6F：→ celestialgod: outer一次只能做兩兩組合... 03/30 22:33
7F：→ celestialgod: 會慢不是沒有原因 03/30 22:33