ctrl + y 可以刪除一整行，請將不需要的內容刪除 文章分類提示: - 問題: 當你想要問問題時，請使用這個類別 - 分享: 當你看到別人的心得時，請使用這個類別。版主鼓勵你幫版友歸納重點(選擇性 ) - 情報: 當你看到消息時，請使用這個類別。版主鼓勵你幫版友歸納重點(選擇性) - 心得: 當你自己想要分享經驗時，請使用這個類別。 - 討論: 當你自己已經有答案，但是也想聽聽版友意見時 問題 [問題類型]:程式諮詢 意見調查(我對R 有個很棒的想法，想問問大家的意見) 程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來) 效能諮詢(我想讓R 跑更快) 經驗諮詢(我想用R 連接某些資料庫，請問大家的經驗) 程式諮詢 [軟體熟悉度]:入門 請把以下不需要的部份刪除 新手(沒寫過程式，R 是我的第一次) 入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉) 使用者(已經有用R 做過不少作品) 開發者(有撰寫R 的套件經驗)新手 [問題敘述]:由於不是很懂R,麻煩懂的人幫我解釋一下最下面那段程式碼(每一行的設計意義),晶片的位置在這邊下載(http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MEXP-569/E-MEXP-569.raw.1.zip) 請簡略描述你所要做的事情，或是這個程式的目的 [程式範例]:source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("affy") biocLite("GeneNet") biocLite("limma") biocLite("tkWidgets") biocLite("Biobase") biocLite("AffyID2GeneID") source("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/R_BioCond/My_R_Scripts/GOHyperGAll.txt") AffyID2GeneID(map = "ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Microarrays/Affymetrix/affy_ATH1_array_elements-2010-12-20.txt") library(affy) library(limma) library(tkWidgets) library(annaffy) library(GeneNet) ------------ P_syr_avr<-ReadAffy(widget=TRUE) ------------------------------- rma_P_syr_avr<-rma(P_syr_avr) ------------------------------ rep.day <- rep(c("A","B"),4) times <- sort(gl(4,2)) design <- model.matrix(~factor(times) + factor(rep.day)) colnames(design) <- c(as.character(1:4),"B") cont.matrix <- rbind(0,diag(3),0) ------------------------------- fit <- lmFit(rma_P_syr_avr,design) rma <- rma_P_syr_avr -----------------f-p-value 值 ---DEG fit2 <- contrasts.fit(fit, cont.matrix) fit2 <- eBayes(fit2) modF001 <- fit2$F.p.value[fit2$F.p.value<0.01] modF025 <- fit2$F.p.value[fit2$F.p.value<0.025] modF <- fit2$F.p.value o <- order(modF) which.A <- seq(1,7,2) which.B <- seq(2,8,2) x=cbind(rownames(exprs(rma)),fit2$F.p.value) write(t(x),"d:/x.txt",ncol=ncol(x),sep="\t") -----------------f-p-value 值 x<-c() count_i = length(modF001) for(count_j in 1: (count_i-1)){ for(count_k in (count_j+1): count_i){ pcc <- cor(exprs(rma)[o[count_j],which.A],exprs(rma)[o[count_k],which.A]) abs_pcc <- abs(pcc) if(abs_pcc>0.95){ x1<-c(AffyID2GeneID(affyIDs=rownames(exprs(rma))[o[count_j]]), AffyID2GeneID(affyIDs=rownames(exprs(rma))[o[count_k]]), pcc) x<-rbind(x,x1) } } } write(t(x),"d:/481.txt",ncol=ncol(x),sep="\t") - ---------------------------請幫忙解釋以下這段-------------------------------------------- data<-read.table("d:/x2.txt",sep="\t") head(exprs(rma)) probe1=as.character(data$V1) exprs(rma)[rownames(exprs(rma))==probe1[3]] x_481=numeric() count_i = length(probe1) for(count_j in 1: count_i){ x_481 =rbind(x_481,c(exprs(rma)[rownames(exprs(rma))==probe1[count_j]])) } rownames(x_481)=probel[1:count_i] library(GeneNet) pcor.dyn <- ggm.estimate.pcor(t(x_481), method = "dynamic") arth.edges <- network.test.edges(pcor.dyn,direct=TRUE) arth.net <- extract.network(arth.edges, method.ggm="number", cutoff.ggm=1200) nodePP=cbind(arth.net[,1],as.character(probe1[arth.net[,2]]),as.character(probe1[arth.net[,3]])) write.table(nodePP,"d:/481.txt") 張貼能夠重現錯誤的程式碼，可以幫助版友更快的幫你解決問題 程式碼可貼於以下網站： http://ideone.com/ http://codepad.org http://pastie.org/ http://nopaste.info/ http://pastebin.com/ http://paste.plurk.com http://gist.github.com/ http://nopaste.csie.org/ [關鍵字]: 選擇性，也許未來有用 --

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