※ 引述《sqrt1089 (李崩子)》之銘言： : 如題 : 數據: : 10 100 300 5000 : 25 100 300 5000 : 3 100 300 5000 : 59 100 300 5000 : 46 100 300 5000 : .... : ... : .. : . : 意思是說一個袋子裡全部有5000顆球，有300顆是白球，其它4700顆是黑球 : 我一次取100顆出來觀察，取n次，(n大概100次左右)。 : 第一次有10顆白球；第二次有25顆白球；第三次取到3顆，第四次取到59顆，...X100次 : 原本是有找到一個套件:use Math::GSL::Randist qw/:all/; : $p = gsl_ran_hypergeometric($r, $n1, $n2, $t); : 但這個模組一直灌不起來。 : 最後改用:use Statistics::R; : 但是去測試後發現好慢，原因是 我一次丟四個數字給他， : 他回傳一個 P_VALUE (或是 1- P_VALUE) 回來 : 假設我取 n 次，就會丟 n 次的 四個數字給副程式 : 這樣的話 副程式 就做了N次的開檔關檔的工作。<<<原因就是出在這 : 有什麼辦法可以改善呢？謝謝。 : #### : 程式碼如下： : open (FH,"test.txt")||die";#test.txt 就是 約100X4的數據如最上面 : while(<FH>){ : chomp; : .. : . : $pvalue = &hypergeometric($get,$input,$included,$total); : print $pvalue; : } : sub hypergeometric { : my $common = shift; : $common_gene -= 1; : my $g1 = shift; : my $g2 = shift; : my $whole = shift; : my $no_g1 = $whole - $g1; : my $R = Statistics::R->new(); : $R->startR; : $R->send(qq` : x <- 0:$common; N1 <- $g1 \n : N2 <- $no_g1; n <- $g2 \n : ans=cumsum(dhyper(x,N1,N2,n)) \n : print(ans) : `); : my $result = $R->read; : my @value = split " ", $result; : my $last_value = pop @value; : my $ans = 1-$last_value; : $R->stopR(); : return $ans; : } 感覺寫的很模糊 所以也沒辦法答的很清楚 現在假設你是要用t-test來求p-value好了 也許你可以嘗試一些比較專門的統計模組 http://search.cpan.org/~yunfang/Statistics-TTest-1.1.0/TTest.pm http://search.cpan.org/~swansun/Statistics-Distributions-Analyze-0.01 /lib/Statistics/Distributions/Analyze.pm http://search.cpan.org/~mglee/Statistics-DependantTTest-0.03/DependantTTest.pm http://search.cpan.org/~maggiexyz/PDL-Stats-0.5.5/Basic/stats_basic.pp 看你目前寫的程式碼 應該是使用R的interface跟perl做連結 如果很堅持要這麼使用 那就只好修改你send的指令 然後在傳回perl做處理 不過如果你真的有這本事 我想直接用R處理會比較快 要不然就多開幾個執行緒平行跑吧 反正你每次實驗都是一個獨立的個體 -- 如果青春注定要向前跑 他媽的...那我的出口在那? --

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