2006年 425 黑色衝擊！黑色組織伸出魔爪的瞬間！ 426 給蘭的情書 427 超秘密的上學路(前篇) 428 超秘密的上學路(後篇) 429 無法歸來的二人(前篇) 430 無法歸來的二人(後篇) 431 本廳刑事戀物語7(前篇) 432 本廳刑事戀物語7(後篇) 433 柯南 奇怪的孩子 434 名犬cool的功勞 435 聚焦偵探團的取材（前篇） 436 聚焦偵探團的取材（後篇） 437 上戶彩和新一 4年前的約定 438 釣魚簡訊的追尋 439 然後，誰都不在了/2006.5.22 440 極限飛車/2006.5.29 441 臨終的啊啊/2006.6.5 442 被鋼鐵架構阻擋的男子/2006.6.12 劇場版 1：引爆摩天樓 2：第14號獵物 3：世紀末的魔術師 4：瞳孔中的暗殺者 5：通往天國的倒數計時 6：貝克街的亡靈 7：迷宮的十字路 8：銀翼的奇術師 9：水平線上的陰謀 10: 偵探們的鎮魂歌 OVA 1：柯南 vs Kid vs Yaiba 寶刀爭奪大作戰! 2：16個嫌疑犯 3：柯南、平次與消失的少年 4：吉德與水晶之母 5：目標是小五郎!!少年偵探團的秘密調查 6：追蹤消失的鑽石！柯南&平次vsKID！ SP（TV特別版） 1. 第011集︰鋼琴奏鳴曲『月光』殺人事件-1小時特集 2. 第052集︰霧天狗傳說殺人事件-1小時特輯 3. 第076集︰柯南對怪盜基德-1小時特輯 4. 第096集︰走投無路的名偵探﹗連續2大殺人事件-2小時特輯 5. 第118集︰浪花連續殺人事件-1小時特輯 6. 第129集︰來自黑暗組織的女子-2小時特輯 7. 第162集︰空中密室 新一的初次登場-1小時特集 8. 第174集︰20年的殺意.新佛尼號連續殺人事件-2小時特輯 9. 第184集︰詛咒的假面在冷笑-1小時特輯(動畫版原創) (秋之神秘特别篇9) 10. 第208集︰通向迷宮的入口.巨大神像的憤怒-1小時特集 11. 第219集︰工藤新一VS怪盜基德-2小時特輯 12. 第263集︰大阪雙重迷團─浪花劍士與太閣之城-2小時特輯 13. 第304話︰震動的警視廳-1200萬人質-2小時特輯 14. 第342話:豪斯登堡的新娘-1小時特輯(動畫版原創) 15. 第345話:與黑色組織正面對決 滿月之夜的二元推理-2小時半特輯 16. 第356話:怪盜基德的奇異空中漫步-1小時特集 17. 第383話:來自甲子園的惡魔的挑戰-2小時特集 18. 第425話:黑色衝擊！黑衣組織伸出魔爪的瞬間-2小時半特輯 特輯 1：彷徨的紅蝴蝶 2：飛上天空的十顆行星 3：少年偵探團7分鐘特輯 4：追尋迷一樣的水星怪獸 5：青山剛昌短篇集 6：京都之旅女子三人組來到迷宮的十字路 7：銀翼的時間之旅 8：水平線上的柯南小五郎 --

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