作者: Ringningbell (Lilisa) 看板: Chemistry
標題: AMBER MD 蛋白質結構總是散開
時間: Mon Jul 3 22:23:52 2017
請問有沒有人知道
使用AMBER進行動態模擬計算時
在升溫過程中蛋白質結構(Helix)總是會整個散開來
我是用50度為一個級距升溫從 0K 到 300K
Stage 1 heating of TC5b 0 to 50K
&cntrl
imin=0, irest=0, ntx=1,
nstlim=5000, dt=0.0005,
ntc=2, ntf=2,
ntt=1, tautp=1.0,
tempi=0.0, temp0=50.0,
ntpr=50, ntwx=50,
ntb=0, igb=1,
cut=999.,rgbmax=999.
有沒有辦法可以溫和的升溫不要讓結構散掉呢
謝謝
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※ 編輯: Ringningbell (114.35.74.183), 07/03/2017 22:24:27
※ 編輯: Ringningbell (114.35.74.183), 07/03/2017 22:25:59
1F：推 sexyrickysky: 把timestep or temperature jump的步距條小 07/04 07:14
2F：→ Ringningbell: 有成功了，非常謝謝你喔，真心感謝 07/04 10:48