Chemistry 板


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這篇的目的不是要找可以設計合成路徑的軟體, 而是單純閒談, 順便問問版友的看法。 所以版主不要把它當成求檔文,把我水桶了啊>_< -------------------------------------------- 剛在思考一個化合物的合成設計時, 想到一件很有趣的問題。 一般要做有機全合成的人, 在設計合成路徑時, 都會採用Corey在1968年所提出的"合成子"概念, 將最終產物逆合成分析, 一步步推敲,直到可買到的原料為止。 但是合成子也不是萬能的 1. 現實狀況下, 能買到的原料種類是有限的, 有時會發生需要的產物買不到的情況。 2. 為了將逆合成所推導出的原料合成出來, 又或是原本的逆合成設計不良, 都會造成合成路徑過長。 3. 即使原料存在, 但是單價貴的要命或是受到管制出口, 造成實際的購買困難。 4. 逆合成設計時, 主要看的是反應位置, 但其他官能基的存在會在實驗當中埋下不確定的風險。 雖然這點可透過設計者的合成經驗與資料搜尋能力來降低, 但是沒人是不會犯錯或沒有個人偏見的, 再加上除了少數特定實驗室是採取分工合作,集思廣義的模式, 多數的情況通常是得主事者一個人思考, 所以難免有不足。 想到這裡, 個人不禁又想到像是西洋棋電腦, 像是"深藍"之流的。 這類電腦之所以能在與特級大師的比賽中勝出, 靠的是二點 1. 棋局資料庫 人腦能記住的有限, 但對電腦而言, 唯一的問題只是記憶體夠不夠大。 2. 子力計算 西洋棋電腦將各個棋子依照機動力與特性分別給予固定的子力, 這裡的子力是指該棋子的價值, 例如皇后的子力最高(不計國王),小兵最少。 當棋局還在已知範圍內, 例如開局或殘局, 電腦就會從資料庫找資料分析; 當棋局已經進入新局面時, 就是單純的子力計算。 透過電腦最擅長的暴力計算, 算出接下來十幾步中分數最高的最佳解。 想到這裡其實覺得很有趣, 因為逆合成分析所採取的策略其實和西洋棋大師的策略有異曲同工之處: ------------------------------------ 辨認已知的模式(合成子), 並同時考慮對手(其他官能基)的干擾, 然後一步步的進逼。 ------------------------------------ 兩者差別之在一個是已知結果,由後往前推; 一個是設法將現在局面導向對自己有利。 那麼像是深藍之流的電腦是否有可能應用到全合成設計上呢? 子力的概念可轉換為藥品單位價錢, 已知的逆合成方法與藥品的資訊也可以化為資料庫。 個人預期的是: 當使用者輸入要合成的的目標時, 電腦就能自動搜尋目標是否有市售商品, 如果沒有, 再根據逆合成資料庫一一分析各種可能的合成子與更之後的合成路徑, 並且自動比對原料是否有市售,單位價錢、管制情況, 最後提供使用者可能的路徑參考。 不過這種事, 個人應該不是第一個想到的, 再加上個人對於電腦輔助有機合成設計的主題其實並沒有深入瞭解過。 在此僅是拋磚引玉, 與版上各位資深專家討論看看。 --



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◆ From: 140.114.107.128
1F:推 hadessage:基本上合成以及純化關鍵點沒人會免費提供技術 11/20 17:04
2F:→ hadessage:進而導致所有從頭考慮的步驟都是問題 現在一般用 11/20 17:04
3F:→ hadessage:Reaxys和SciFinder來做 其實已經差不多了 11/20 17:05
4F:→ hadessage:像基礎藥品要合成商用 還是要去找供應商 你的資料庫要很 11/20 17:10
5F:→ hadessage:多人去建立 而且品質穩定性還有待考量 11/20 17:11
6F:推 jessti:西洋棋規則固定都要算成那樣,複雜結構隨時可能有特例 11/20 20:16
7F:→ jessti:何況有些反應是用徑爭或是時間可以控制的,幾乎可以特化 11/20 20:17
8F:→ jessti:這種你怎麼寫出general rule? 11/20 20:18
9F:推 jessti:逆合成也不只有拆解,碰到有氫化或脫氧不見得看的出來 11/20 20:23
10F:推 jessti:更狠的有重排根本就不直觀,而且步驟短產率不一定高 11/20 20:26
11F:→ jessti:產率好的不見得能大量,也不一定便宜 11/20 20:28
12F:推 tallgeese05:我記得已經有公司發展相關的資料庫及程式了 11/21 02:59
13F:→ tallgeese05:之前有聽過演講 不過忘記名字了 11/21 03:00
14F:→ tallgeese05:另外 目前主要的應用還是在於有幾反應 11/21 03:01
15F:→ tallgeese05:這類系統的另一個用途在於預防犯罪 11/21 03:02
16F:→ tallgeese05:演講中有提到政府大多都會規定某些藥品不能隨便買賣 11/21 03:03
17F:→ tallgeese05:因為有可能可以合成毒品或是毒性物質 但透過資料庫 11/21 03:04
18F:→ tallgeese05:會發現其實有其他合成路徑 可以從非管制物開始 11/21 03:04
19F:→ tallgeese05:而系統可以做的是連結到買賣記錄 事先警示可能相關 11/21 03:06
20F:→ tallgeese05:單位可能有人意圖不軌 聽完演講第一個想法是 11/21 03:06
21F:→ tallgeese05:有幾組該不會要失業了吧 不過就像上面說的 詳細的 11/21 03:07
22F:→ tallgeese05:反應條件沒有這麼容易掌握 11/21 03:07
23F:推 zzxxzz:你的意思是應用Green's保護基附錄那樣來預測影響程度,但 11/21 06:37
24F:→ zzxxzz:資料量還是不夠。 11/21 06:39
25F:推 jessti:毒品都兩三步搞定,全合成帶衰就20~30步還搞不定 11/21 13:46







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