作者vixen (科羅拉多的豪邁)
看板Biology
標題Re: [問題] 噬菌體呈現技術
時間Thu Sep 25 00:02:53 2008
※ 引述《what15 (這是什麼世界!!米蟲~~)》之銘言：
: ※ 引述《what15 (這是什麼世界!!米蟲~~)》之銘言：
: : 【問題】：
: : 最近小妹做的實驗數據出來，將噬菌體呈現技術所得的外源基因轉成胺基酸序列之後，
: : 上mimox網站做比對後卻看不太懂結果所表達的含意，對於網站上的操作說明又看不太懂
: : 想請問是否也有人用過mimox這個程式，可以替我解釋一下使用方法與結果的意義何在嗎?
: : 謝謝~~~^^
: : 以下為mimox網站的網址
: : http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~hjian/mimox/
: 假如說我輸入的數據是
: >mimoseq1
: LPLHYTLEKTQP
: >mimoseq2
: FHLEVRNESQSP
: >mimoseq3
: YHNERPTPESRP
: >mimoseq4
: SPRSTDSNLPWT
: 想請教的問題是
: (1)按了"run"之後跑出
: mimoseq1 LPLHYTLEKTQP-- 12
: mimoseq2 FHLEVRNESQSP-- 12
: mimoseq3 YHNERPTPESRP-- 12
: mimoseq4 --SPRSTDSNLPWT 12
: 其字母的顏色有什麼代表性嗎??
很多alignment的著色都是這樣, 以不同的胺基酸化學特性個別著色,
比方疏水性的L跟V都紅色, N跟Q同色....這個生化應該有教過,
有時可以用這個大略猜二級結構或者片段所處環境.
: (2)接著按"Calculate Consensus Sequence"跑出來的表格是怎麼得來的
: 這與他推論出來的consensus sequence: XHLER[ST]TES[STNQ]XP--
: 又有什麼關聯性????
: (3)最後按了"Running JalView to view and ..."
: 那些柱狀圖又是代表了什麼??
: 我知道問題有點多^^"，不過誠摯地希望有人能為小妹解釋一下
: 感謝^^....
你要看說明書
http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~hjian/mimox/help.html#mimosa
0.3 Deriving consensus sequence from alignment
We use a simple statistical method to derive the consensus sequence
from a set of aligned mimotopes. Briefly, the program counts the
appearance of each amino acids at each position, calculate the percent
frequency. If the frequency is above a threshold, the corresponding
residue is considered as a motif residue at that position. The
frequency threshold is 25% by default. The motif residues are connected
( if no motif residue is found at a given position, then X is used) to
be the "consensus sequence". For example: CXX[LR][PR]TNXTTLRRC. If two
or more motif residues are found at given position, they are put into [
]. A 3D bar figure is also created accordingly. The Z axis represents
the position of the aligned sequences. Now, you can map the whole or a
segment of mimotope consensus sequence back to corresponding PDB
structure.
Tips: check the result table carefully. Revise the consensus sequence
manually if necessary. For example, you can group ILV, DE, RK, QN, ST
and re-evaluate the motif residue at each position.
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 76.25.201.178
1F：推 what15:說明我有看..但是我還是不太懂ㄟ^^" 09/25 23:03
2F：推 what15:不好意思唷~再請問一下最後一段的tips是要把胺基酸怎樣? 09/25 23:06
3F：→ what15:謝謝^^ 09/25 23:06