※ 引述《ericsson (每個人都是貴人)》之銘言： : 【問題】： 關於生化路徑的迷思 : 【問題起因】： 生化路徑通常可以分為： : 代謝反應; 訊號傳遞; 基因調控等 : 目前不才正在研究的範圍侷限於代謝環境之模擬, : 問題來了！～ 老闆突然問了一個問題, : "關於訊號傳遞及基因調控網路", 可以視為等同代謝網路嗎？ : 【個人看法】： : 對於這個問題因為所看的paper不夠廣,所以目前還未找到答案, : 但若就任何反應可以如 A + B ---> C + D : 那麼, 這個的問題是否就是可以當作一種代謝反應的進行？ : 謝謝各位～～ 我覺得這要看你老闆的"等同"是到哪種程度. 假如他是想將代謝模擬這幾十年發展下來的理論套上訊號傳遞與GRN的話, 那恐怕是行不通 至於eric你的看法是, 若能寫出像代謝應式, 則應該能套用代謝反應式的性質. 雖然說就數學上是合乎邏輯, 但就生物上可能就無法這麼順利, 而且大部分的問題會出在如何定義ABCD與"---->" 舉個例子來說: 在反應式中(in metabolic network), A與B會被變成C與D然後是被某種enzyme催化, 但是在network simulation中, 我們會去在意的並不是這條反應式存不存在, 而通常會去看的是在steady-state的假設下, 這條反應有多快, 也就是flux的大小; 以及[A],[B],[C],[D], and [others]變化時flux會如何改變; 那當然還有許多東西可以去看去模擬...... 而在訊號傳遞裡, 雖然有些性質不大一樣, 但大致上是把ABC換成訊號傳遞用的蛋白質, 雖然一樣可以去模擬但是卻要很小心的採用steady-state的假設, 因為一個蛋白質被磷酸化就必須視為另一個蛋白質A-->C, 所以為了維持stadey-state的假設, 就必需再設C會很快的被去磷酸化回到A 這當然會讓能模擬的power下降, 但不是行不通, 我記得有看過一篇paper就是用MCA的理論去simulate一條cancer pathway, 但僅此一條之後就沒了. 至於GRN要來套用代謝模擬的理論就比較成問題, 原因是出在"--->",也就是定義箭頭的兩邊, 由於GRN的主角就是一大堆transcriptional factors(TFs)還有target genes(TGs) 目前還沒人敢提出: polymerase TFs --------------> gene expression 原因出在於這並不是物質的轉換, 所以很難去用化學式義 所以現行大部分的paper在這方面還是採用比較多統計的方法去解釋跟寫model 但反過來說, 現在的biological network並無一個standard在, 所以可以把你的model寫的很死.......反正能解釋手邊的data就好 可若你能找到一個方法或model同時可以套用在這三種network上的話........嘿~~~ --

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