※ 引述《snark (影燕)》之銘言： : ※ 引述《pooldodo (破渡渡)》之銘言： : : E. coli O157 552 kb : E. coli 是 4,639,221bp 如果你是說 E. coli K-12 的話是 4,639,675bp 差不多 但是我標的是 O157:H7，它的 genome size 是 5,528,445bp Science. 1997 Sep 5, 277(5331):1453-74 Nature. 2001 Jan 25, 409(6819):529-33 : 其實要做過就會知道 : 研究上的困難是在 : 真菌是二倍體 酵母菌還好 : 但是如果你研究白色念珠菌就慘了 : 2倍體 要研究基因 或是 PCR : 都會受到有兩個拷貝的影響 : 另外白色念珠菌沒有質體 : 最後是電穿孔 : 因為先行系統多是對於 E coli 還有 酵母菌研發 : 所以條件不太適合其他真菌 這裡提到的問題應該是做一些基因轉殖上的研究 例如做 mutant 或是送 plasmid 會遇到的問題吧 雖然我不確定原 po 指的研究 genome 是指什麼 XD : 另外抗生素基因也是很麻煩 真菌是真核生物 : 所以抗真菌的抗生素對人類可能有害 : 管制比較嚴格 我就定序上會遇到的問題回答吧 已定序上會遇到的第一個問題就是錢吧 做了Shotgun Library 可能花個五六萬 用 library 做 sequence 1Mb 少說也是兩百多萬 如果用 GS FLX ，一個 run 六七十萬，但是要準確也不可能只做一個 run 如果是細菌的話，可能連大大小小的 plasmid 用 GS FLX 一次就蠻準了 如果是真菌可能就要兩倍以上 smaple 製備又是另外的問題了 當然除非你要研究的對象已經具有 whole genome sequence 不然真菌已經被全部 sequence 的種類當然遠比細菌來的少 就 genome 上面的複雜度，真核生物更是遠比原核生物來的複雜許多 -- 猥褻帶著靦腆─────────┬─────┘ │ ├──── │ 浮華不脫庸俗 │ │ ─┐ 欺騙不忘誠懇──────┤ └──┘ │ │ 卑鄙夾帶道義 ┌┘┌─────離別更要擁抱 ├──────────────┐ │ │ ┌─────┤ 你要如何平衡 │ pooldodo --

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.77.155 ※ 編輯: pooldodo 來自: 140.129.77.155 (04/11 14:37)