作者luke0205 (luke0205)
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標題[問題]如何找到基因的reguatory elements?(緊急求救)
時間Thu Dec 11 10:57:14 2008
請各位大大解惑一下
現在我有段基因 miox myo-inositol oxygenase [bos taurus]
我要如何利用 vista or mvista 軟體去找出其 regulatory elements
such as ORE, tonicity(tone)
還是有其它的網站可以利用
我有問朋友
他說可以從 osmotic response element or tonicity response element 下手
但其它的就不清楚.....但我還是搞不懂
請各位大大知道的話
解答一下
感激不盡!!
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 66.27.17.215
1F：推 huggie:第50跟第292篇有幫助嗎? 12/11 13:32
2F：→ luke0205:謝謝,但還是有些搞不懂.pormoter means regulatory 12/11 15:07
3F：→ luke0205:elements...? how about ORE or tonicity? 12/11 15:09
4F：推 huggie:TRANSFAC 不知道有幫助否? 應該是可以找此基因上游是否 12/11 17:46
5F：→ huggie:有regulatory elements. transcription factor 也有註解 12/11 17:47
6F：→ huggie:如果有ORE或tonicity相關的應該會寫出來吧！或者是拿已知 12/11 17:47
7F：→ huggie:的 align 來對對看 12/11 17:47
8F：推 hajimels:你所謂的regulatory elements是指？cis- or trans-? 12/11 17:47
9F：→ hajimels:anyway,我猜應該是想看cis-elements拉 12/11 17:49
10F：推 huggie:請問樓上的意思是 RNA 或 protein regulator 嗎? 12/11 17:49
11F：→ luke0205:protein regulatory.. 12/11 18:10
12F：推 Zing119:簡單來說 cis- 就是找binding site等motif 12/11 20:30
13F：→ Zing119:如果你有motif的PWM 就去把每個ORF的promoter掃一下 12/11 20:31
14F：→ Zing119:有match就代表"有binding的可能性" 再佐以其他資訊 12/11 20:31
15F：→ Zing119:就可以找出potential target genes了 12/11 20:32
16F：→ hajimels:感謝樓上替我回答了～ 12/11 21:21
17F：推 huggie:cis跟trans看到我都模模糊糊..常常不知道在講什麼耶..XD 12/12 11:26
18F：→ hgsfhevil:我拿我的研究來說明,cis 是exonic splicing enhancer 12/12 13:23
19F：→ hgsfhevil:trans 是SR protein,當SR protein連結到exonic splicing 12/12 13:24
20F：→ hgsfhevil:enhancer,則幫助splicsome辨識正確的splice site, 12/12 13:26
21F：→ hgsfhevil:加強剪接作用,而exonic splicing enhancer是在pre-mRNA 12/12 13:27
22F：→ hgsfhevil:序列上,它幫助exon發生剪接,SR protein是在pre-mRNA序列 12/12 13:28
23F：→ hgsfhevil:外,不知道這樣解釋,可以理解嗎 12/12 13:29
24F：推 huggie:樓上的解釋可以理解，不過 cis 跟 trans 這兩個字用途非常 12/13 12:18
25F：→ huggie:廣，也不限於解釋 regulatory。例如 sRNA regulation 有分 12/13 12:20
26F：→ huggie:cis-encoded antisense RNA 跟 trans-encoded antisense 12/13 12:20
27F：推 huggie:RNA 等. 然後 cis 的意思是 sRNA (或 maybe microRNA也有?) 12/13 12:21
28F：→ huggie:就正位於它所條控的基因的另一股。trans 則指它處。 12/13 12:22
29F：→ huggie:另外記得有碰過 isomer 也講 cis/trans。 12/13 12:25
30F：→ huggie:所以跟 context 蠻有關係的..跟老中講陰&陽差不多了.=.= 12/13 12:29
31F：→ huggie:所以，我真的常常霧霎霎 12/13 12:30
32F：→ hgsfhevil:其實cis粗略解釋是自發性,trans是相反,如果不是我做這題 12/13 21:55
33F：→ hgsfhevil:目,說實話,我之前也搞不懂他們的關係 12/13 21:55
34F：推 Zing119:我以前也是搞不清楚 直到在做相關研究才記清楚的... 12/14 16:10